生信编程8.ID转换 / 开普饭

先看看MSigDB中的基因ENTREZID是否可以全部转化为SYMBOL. library(biomaRt)library(clusterProfiler)library(org.Hs.eg.db)l ...

GSEA(Gene Set EnrichmentAnalysis),即基因集富集分析,无需设定阈值来区分上调下调基因,使用所有的基因进行分析. GO 和 KEGG 可参考:R|clusterProfi ...

下载数据切换到工作目录:cd d/生信技能树-视频直播/第七讲 kegg2gene(第六讲kegg数据解析结果) 暂时不用新的kegg注释数据为了能够统一答案差异基因list和背景基因list 关 ...

题目人类基因组外显子区域长度学员:x2yline 具体题目详情请参考生信技能树论坛题目数据来源为:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/current_huma ...

学习感悟首先说明一下,我不算是完全从0开始学习,因为生物的知识和python的语言之前都知道一点,但说实话,我的python距离真正的实践还差的很远,也没有常用所以基本忘完. 真的很感谢群主和老师们 ...

题目:hg19基因组序列的一些探究学员:x2yline 具体题目详情请参考生信技能树论坛数据来源:http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bi ...

貌似顺序有点怪异,我们都把1~8题给讲解完了,现在才开始第0题,很明显,这个是临时加入的,因为有很多没有编程基础的朋友也开始跟着我们学习了. 还不知道怎么回事的先查看历史题目: 生物信息学技能面试题( ...

还不知道怎么回事的先查看历史题目: 生信编程直播第0题-生信编程很简单! 生物信息学技能面试题(第1题)-人类基因组的外显子区域到底有多长生物信息学技能面试题(第2题)-探索人类基因组序列生物信息 ...

问题描述这个需求很常见,因为一般生物信息学数据比较大,比如sam,vcf,或者gtf,bed都是把所有染色体综合在一起的文件.如果想根据染色体把大文件拆分成小的文件呢?比如:ftp://ftp.ncb ...

json数据大家统一用我给的测试数据,自己在浏览器打开下载:http://biotrainee.com/jbrowse/JBrowse-1.12.1/sample_data/json/modencod ...

最近在带领学徒,重现当初的 »生信技能树›互动作业›脚本能力实践›生信人必练的200个数据处理任务其中第11题,很有趣:把文件内容按照染色体分开写出学徒问我为什么标准答案是错的,然后我验证后的确发 ...

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