KnockTF：转录因子敲除数据库(一) / 开普饭

一.转录因子介绍转录因子(Transcription factors)是一群能与基因特定序列专一性结合,从而保证目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达的蛋白质分子.转录因子通过识别特定的DNA序 ...

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA.GEO, SEER数据挖掘. image.png 今天要分享的文章发表在研究生之友 Bioc ...

转录因子(Transcription Factor, TF)及其靶基因在人类疾病和生物学过程中起重要作用,转录因子敲降/敲除前后的基因表达谱分析是获得转录因子靶基因.探索转录因子功能的最重要策略之一. ...

解螺旋公众号·陪伴你科研的第2563天全新重磅数据库不管是研究肿瘤还是非肿瘤的,不管是生物学专业做基础研究的,还是医学专业做疾病机制研究的,只要你还在研究分子机制,转录因子(TF)一定是每个实验汪 ...

昨天我们介绍了这个数据库的其中一部分功能 KnockTF:转录因子敲除数据库(一),今天把这个数据库的其它功能介绍完. 检索功能这个功能提供了四个选项可以让我们进行检索:基于转录因子.基于目标基因. ...

在特定的细胞或组织中,发挥作用的转录因子在调控网络中的地位也是不同的.来自胚胎干细胞和其他细胞模型的研究表明,一小组细胞类型特异性或谱系特异性转录因子(TFs)形成了相互连接的自动调节环,以控制特定细 ...

转录调控网络(TRN)的重建是人类遗传学中的长期挑战.已经开发出许多计算方法来从高通量数据推断人类转录因子(TF)和靶基因之间的调控相互作用,TRRUST是迄今为止,最大的可公开免费获得的人类TF-靶 ...

miRNA是重要的转录后基因表达调控因子,并在各种生物学过程中发挥关键作用.据报道,miRNA的异常调控与多种疾病的发生和发展有关,包括癌症,心血管疾病等.但是潜在的机制仍然难以明确,部分原因是转录因 ...

HOCOMOCO是专门研究人和小鼠的数据库,团队从超过5000个针对人类和小鼠转录因子的实验中获得的14000多套ChIP-Seq数据集,基于系统化的基序发现和交叉验证,展示了人类和小鼠转录因子结合模 ...

转录因子(TFs)可以通过结合其启动子或增强子的特定DNA序列来调节靶基因的表达.鉴定人中的TF-靶标调控是了解生物学过程(包括发育和发病机制)基础的分子调控机制的基础,而不同条件下的转录因子靶基因的 ...

motif是一段重复出现在基因序列上的一段片段,通常具有高度重复的碱基序列,是转录因子或者DNA结合蛋白识别并结合的锚定点,就像之前说的,一个DNA结合蛋白可能对应多个motif,motif也会对应多 ...

一个转录因子能同时控制多个基因的表达,同时转录因子的功能作用也可能受多个调控因子的影响.Cistrome DB就是这样的一个数据库,可以展示转录因子的相关调控内容. Cistrome DB历年样本数据 ...

KnockTF：转录因子敲除数据库(一)