招贤纳士-学徒数据挖掘代码检查员
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公共数据库找不到自己需要的数据,该咋办?
现在是大数据时代,在这种环境下,最流行的莫过于数据挖掘,各行各业都在进行数据挖掘.所以,我们临床医生也不例外.例如现在大家都在搞这个GEO数据挖掘,TCGA数据挖掘,SEER数据挖掘,临床数据挖掘等等 ...
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生物医学大数据挖掘分析
随着高通量测序技术的迅猛发展,各种生物医学数据库应运而生,大数据挖掘技术已成为生物医学领域中最新最重要驱动力之一.GEO是当今最大.最全的公共基因数据资源库,包括基因的表达.突变.修饰等信息,涵盖几乎 ...
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做生信数据挖掘一定要会编程吗
自从meta分析贬值了之后,生信数据挖掘成为了国内医生.研究生.博士.教师火爆的发文神器,可是令人头痛的事情来了,生信往往需要学习编程,其中R就必不可少,如果要挖TCGA.SEER,Perl或者Pyt ...
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环状RNA纯数据挖掘套路
第一步 在GEO数据库下载相关的环状RNA.miRNA.mRNA 第二步 分别对下载到的环状RNA.miRNA.mRNA做差异分析 第三步 利用差异的环状RNA预测可能结合的miRNA 第四步 预测得 ...
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研究帕金森病,做meta分析,数据挖掘,不能缺少这个数据库
这个数据库的网址为:http://www.pdgene.org/ 下面介绍一下这个数据库的使用: 我们可以在检索框基因名进行检索 查看结果 这里的结果展示的是APOE基因所在位置+-5000碱基对范围 ...
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非肿瘤方向,就不能做生信数据挖掘吗
你还因为meta分析不能评职称而烦恼?你还因为meta分析不能毕业而感到烦恼?现在不用担心了,SCI狂人团队有一招可以帮助你搞定这些烦恼.这一招是什么呢?那就是GEO数据挖掘.虽然TCGA.SEER. ...
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学徒数据挖掘专题半年目录汇总(生信菜鸟团周一见)
不知不觉学徒培养的第二个年头已然过去一半,好的学习习惯.方法以及名师的指导对个人的成长帮助是毋容置疑的. 我比较喜欢把自己认为重要的知识点布置给学徒,让他们从头到尾的写出来,成为推文教程笔记分享. 这 ...
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学徒数据挖掘之谁说生存分析一定要按照表达量中位值或者平均值分组呢?
学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是<生信入门第6期>学员的分享 呃提笔来写这个总结,貌似是上周发生的事了,但是不太想回忆,学习新东西会抱着满满的热情,但是 ...
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人人都可以学会WGCNA(学徒数据挖掘)
学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是<生信入门第7期>学员的分享 ⽣信技能树有一系列WGCNA教程,见: ⼀⽂看懂WGCNA 分析(2019更新版) (点击 ...
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人人都可以学会生存分析(学徒数据挖掘)
学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了! 下面是<生信入门第6期>学员的分享 她上一个笔记是:学徒数据挖掘之谁说生存分析一定要按照表达量中位值或者平均值分组呢? 这次带 ...
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P值0.05界限为什么不好(纯R代码复现一篇数据挖掘文章)
感觉好像每隔几年学术界就掀起了一阵批判P值的讨论,正好我这里有个例子,分享给大家. 依然是安排给学徒完成的:菜鸟团(周一数据挖掘专栏)成果展 文献是:Cancer Manag Res. 2018 标题 ...
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七步走纯R代码通过数据挖掘复现一篇实验文章(第七步WGCNA)
下面看学徒表演 本期我们的任务是全代码复现一篇paper,标题为 :Co-expression networks revealed potential core lncRNAs in the trip ...
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七步走纯R代码通过数据挖掘复现一篇实验文章(第1到6步)
最近给新的学徒布置了去年学徒的数据挖掘任务,让我意外的是一个影像学专业大三学生表现最好,两天就表现优异的完成了作业,而且项目代码组织习惯也非常棒,任务拆解为7个步骤,条理清晰,逻辑流畅,值得分享! 如 ...
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200块的代码我的学徒免费送给你,GSVA和生存分析
(现在学习量和弹幕都非常少,大家的机会来了哦!) https://www.bilibili.com/video/av81874183 前奏 最近做的生存分析都是奇奇怪怪的,从来没有重复出作者的图.哈哈 ...
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学徒带你7步3251行代码+300行注释完成TCGA数据库挖掘实战全文复现
这个春节,因为疫情严重,我老早就想起来应该给学徒们安排任务! 有趣的是,我最不看好的学徒<茄子>率先完成其中一个任务,而且是大大的超出我的预期,让我实在是不敢相信这是一个大四的本科生完成的 ...