学徒数据挖掘专题半年目录汇总(生信菜鸟团周一见) / 开普饭

这个数据库的网址为:http://www.pdgene.org/ 下面介绍一下这个数据库的使用: 我们可以在检索框基因名进行检索查看结果这里的结果展示的是APOE基因所在位置+-5000碱基对范围 ...

你还因为meta分析不能评职称而烦恼?你还因为meta分析不能毕业而感到烦恼?现在不用担心了,SCI狂人团队有一招可以帮助你搞定这些烦恼.这一招是什么呢?那就是GEO数据挖掘.虽然TCGA.SEER. ...

第一步在GEO数据库下载相关的环状RNA.miRNA.mRNA 第二步分别对下载到的环状RNA.miRNA.mRNA做差异分析第三步利用差异的环状RNA预测可能结合的miRNA 第四步预测得 ...

自从meta分析贬值了之后,生信数据挖掘成为了国内医生.研究生.博士.教师火爆的发文神器,可是令人头痛的事情来了,生信往往需要学习编程,其中R就必不可少,如果要挖TCGA.SEER,Perl或者Pyt ...

希望大家能有所收获! 文章目录: 综述背景笔记 1. circRNA学习专题 - circRNA的来龙去脉(一) 2. circRNA学习专题 - circRNA的来龙去脉(二) 3. circRNA ...

为了分析不同类型.组织起源肿瘤的共性.差异以及新课题.TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划.参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov ...

其实我现在已经不写软件教程了! fastqc对原始测序reads质控 NCBI的blast++软件使用说明书 SRA工具sratoolkit把原始测序数据转为fastq格式目录一:下载安装该软件 ...

生信常用论坛seq-answer里面所有帖子爬取生信常用论坛bio-star里面所有帖子爬取这个是爬虫专题第一集,主要讲如何分析bio-star这个网站并爬去所有的帖子列表,及标签列表等等,前提是 ...

目录如下: 生信人必学ftp站点之NCBI-GEO 脚本作业-解读NCBI的ftp里面关于人的一些基因信息 NCBI的taxid简单介绍 NCBI的基因entrez ID相关文件介绍请直接看我博客吧 ...

这个我非常喜欢,目录如下: 用R获取芯片探针与基因的对应关系三部曲-bioconductor 用R获取芯片探针与基因的对应关系三部曲-NCBI下载对应关系 gene的各种ID转换终结者-biocond ...

主流有3个,我只介绍了两个: 用crossmap代替liftover做基因组坐标转换 liftover基因组版本直接的coordinate转换其实国际三大主流生物信息学数据库运营单位都出了自己的基因 ...

搞生信研究的,大部分数据都是针对于人类的,那么人类的参考基因组就不得不知了! 与hg19的突变相关的一些数据解释. Hg19基因组的分析 R的bioconductor包TxDb.Hsapiens.UC ...

包括下面几个软件的用法,是我刚入门写的了,感兴趣的去我博客搜索看看,意义不大,我就复制粘贴那些内容了,我讲一点别的: solexaQA 对测序数据进行简单过滤 RSeQC对 RNA-seq数据质控 N ...

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