生信菜鸟团优秀专题之circRNA优秀推文合辑 / 开普饭

导语近年来,越来越多的科学研究集中在circRNA领域.circRNADisease是基于已有实验验证的circRNA和疾病关联的在线数据库,系统地核实了800多个已发表的文献,并收集整理了330种 ...

CircRNA红透天际,引得一众科学家竞相追逐.然而眼下cirRNA研究的一个巨大挑战就是,可参考信息不多,数据库建设相比其他非编码(miRNA,lncRNA)相对稚嫩. 而数据库使用教程更是稀少,质 ...

大部分的环状RNA是由外显子序列构成,在不同的物种中具有保守性,同时存在组织及不同发育阶段的表达特异性.由于环状RNA对核酸酶不敏感,所以比线性RNA更为稳定,这使得环状RNA在作为新型临床诊断标记物 ...

筛选文献: 用pubmed分析文献研究趋势: 从热点文献的标题和摘要入手: 通过大量泛读.筛选文献:(关键) 获取主要信息: 进一步明确自身科研的思路和方向. 小工具:pubme2XL 使用方法:ht ...

在4月期间,总共发表了医学相关在线数据库34个.下面就来给大家介绍一下主要有哪些数据库,以及笔者比较感兴趣的数据库.如果想要所有相关数据库信息的,后台回复:2104. 疾病和药物相关数据库在这个部分 ...

之前在介绍 GEO 的时候,提到过里面包括了很多其他研究人员发表文章的时候使用的测序数据.其中就包括circRNA 测序的数据.但是对于 circRNA 测序的数据的话,如果是用 GEO2R 分析相关 ...

不知不觉学徒培养的第二个年头已然过去一半,好的学习习惯.方法以及名师的指导对个人的成长帮助是毋容置疑的. 我比较喜欢把自己认为重要的知识点布置给学徒,让他们从头到尾的写出来,成为推文教程笔记分享. 这 ...

为了分析不同类型.组织起源肿瘤的共性.差异以及新课题.TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划.参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov ...

其实我现在已经不写软件教程了! fastqc对原始测序reads质控 NCBI的blast++软件使用说明书 SRA工具sratoolkit把原始测序数据转为fastq格式目录一:下载安装该软件 ...

生信常用论坛seq-answer里面所有帖子爬取生信常用论坛bio-star里面所有帖子爬取这个是爬虫专题第一集,主要讲如何分析bio-star这个网站并爬去所有的帖子列表,及标签列表等等,前提是 ...

目录如下: 生信人必学ftp站点之NCBI-GEO 脚本作业-解读NCBI的ftp里面关于人的一些基因信息 NCBI的taxid简单介绍 NCBI的基因entrez ID相关文件介绍请直接看我博客吧 ...

这个我非常喜欢,目录如下: 用R获取芯片探针与基因的对应关系三部曲-bioconductor 用R获取芯片探针与基因的对应关系三部曲-NCBI下载对应关系 gene的各种ID转换终结者-biocond ...

主流有3个,我只介绍了两个: 用crossmap代替liftover做基因组坐标转换 liftover基因组版本直接的coordinate转换其实国际三大主流生物信息学数据库运营单位都出了自己的基因 ...

搞生信研究的,大部分数据都是针对于人类的,那么人类的参考基因组就不得不知了! 与hg19的突变相关的一些数据解释. Hg19基因组的分析 R的bioconductor包TxDb.Hsapiens.UC ...

包括下面几个软件的用法,是我刚入门写的了,感兴趣的去我博客搜索看看,意义不大,我就复制粘贴那些内容了,我讲一点别的: solexaQA 对测序数据进行简单过滤 RSeQC对 RNA-seq数据质控 N ...

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