使用R包SomaticSignatures进行denovo的signature推断 / 开普饭

这两天"王院长"帮别人分析snv数据,顺便给我推荐了一个R包:maftools.我看了一下官网,感觉是个非常强大的R包.那必须要学习起来~实际上网上已经有很多教程了,但都是用maf ...

对wgs数据的somatic突变文件自己推断denovo的signature,可以使用SomaticSignatures 包的identifySignatures函数,这个教程我在生信技能树分享过:使 ...

animalcules-交互式微生物组分析和可视化的R包 animalcules: interactive microbiome analytics and visualization in R Mi ...

R包是我们生息分析中不可缺少的工具,在学习和使用过程中,我们常会遇到:无法找到解决实际需要的函数,或希望有汇总的网站可以找到相关包的具体说明.搜索R包的途径有很多,例如分别通过RCRAN mirror ...

2017-03-21 17:45 之前我们分享过R语言绘制热图(),用的是pheatmap包.其实画热图还可以用heatmap函数.ggplot2包.gplot包.lattice包来画,惊呆了吧~~ ...

学习R的时候,我们都会用到R到自带数据集,或者第三方R包内含的数据集,比如iris鸢尾花数据. 有数据集,比如上面这个iris数据,但是我们不了解该数据集具体背景的话,就难以理解它的分析目的,统计分析 ...

写在前面这个包最优雅的地方在于交互式,所以学习的主要目的也就是交互式的实践.交互图可以很好的探索数据,但一般不支持输出矢量图,不方便下游编辑和修改和用于发表.如果你找到了导出矢量图方法,请留言. ...

英文原名:microeco: An R package for data mining in microbial community ecology 中文译名:微生物群落生态学数据挖掘的R包micro ...

我做扩增子分析流程中常用的R包下面介绍我常用的R包,还有一些R包比较底层,都会调用,但是不会被我们熟悉,也有一些R包我遗漏了,欢迎大家留言补充. 文件夹和文件管理 fs : 快速复制剪切文件,文件移 ...

写在前面: 在如何通过Google来使用ggplot2可视化这篇文章中,我们曾经介绍过R语言在生物信息学中的重要性. 这篇文章也激发了很多小伙伴学习的热情.学习R语言必然会安装各种各样的包,很多人在这 ...

使用R包SomaticSignatures进行denovo的signature推断