TCGA数据库MAF文件的分析以及可视化（maftools包的使用） / 开普饭

我们在前面的教程:不是maf格式的somatic突变数据就没办法读入到maftools了么,提到了假如小伙伴们是在在 https://xenabrowser.net/datapages/ ,找到 G ...

该思路可重复,需要做该思路的分析可联系小编咨询. 肿瘤微环境(TME)主要由肿瘤细胞和与基质细胞混合的肿瘤免疫浸润细胞组成.最近的一项临床试验表明,肿瘤免疫细胞浸润(ICI)与免疫治疗的敏感性和头颈部 ...

因为TCGA计划跨时太长,这些年找somatic变异的软件也很多,所以TCGA团队下功夫在计划结束后(April 2018)完整的系统性的整理了最后的somatic突变数据.依托于文章:[Scalab ...

小伙伴们好呀!今天和大家分享的是2020年一月份发表在Front Bioeng Biotechnol(IF:5.122)的一篇文章,"Identification of PGRMC1 as ...

看到一个很简单的临床工作文章,标题是:<Association of Body Mass Index With Somatic Mutations in Breast Cancer>,发表 ...

jimmy 生信技能树联盟创始人有这个想法很久了,我教了很多人如何批量下载TCGA数据,以及分析各个癌症的somatic突变信息以及TMB,还有突变的特征频谱. 下载TCGA所有癌症的maf文件计算 ...

导语今天和大家分享的是2020年8月份发表在Mol Ther Nucleic Acids杂志上的一篇文章(IF=7.032)"Characterization of the Immune ...

解螺旋公众号·陪伴你科研的第2542天肿瘤免疫分析神器肿瘤微环境中免疫细胞的组成和丰度是影响肿瘤进展和免疫治疗效果的重要因素.由于直接测量方法的局限性,计算算法通常用于从肿瘤转录组图谱推断免疫细胞 ...

疫情期间发布了<肿瘤基因测序数据分析>课程,: 官方链接是:https://www.bilibili.com/video/BV1Sy4y1S7pz/ 课程思维导图:https://mubu ...

MuSE软件发表在2016年8月的Genome Biology 杂志,文章标题是:<MuSE: accounting for tumor heterogeneity using a sampl ...

前面我们已经详细讲解了vaf,而且也对我的vcf文件进行了统计.[直播]我的基因组81:看看我的vcf文件的vaf分布情况文末我提到了一篇文章里面画出了TCGA的一个tumor样本的somatic ...

为了分析不同类型.组织起源肿瘤的共性.差异以及新课题.TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划.参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov ...

导语今天和大家分享的是2020年12月份发表在Genomics杂志上的一篇文章(IF=6.205)"miRNA biomarkers for predicting overall surv ...

TCGA数据库MAF文件的分析以及可视化（maftools包的使用）