不是maf格式的somatic突变数据就没办法读入到maftools了么 / 开普饭

使用 XENA下载的TCGA-LAML.mutect2_snv.tsv文件绘制基因词云和突变景观图. 一基因词云有小伙伴在https://mp.weixin.qq.com/s/DvX_pKPF9b ...

转自:程凉皮儿:https://www.jianshu.com/p/7b02459defedmaftools_2clp02 June, 2020maftools : 总结.分析.可视化 MAF文件ma ...

这两天"王院长"帮别人分析snv数据,顺便给我推荐了一个R包:maftools.我看了一下官网,感觉是个非常强大的R包.那必须要学习起来~实际上网上已经有很多教程了,但都是用maf ...

首先maf格式的somatic突变数据制作成为annovar软件的输入格式: cut -f 5-7,12,13,1,16 human_brca_all_mutect2.maf |cut -f 2-7 ...

前面我们已经详细讲解了vaf,而且也对我的vcf文件进行了统计.[直播]我的基因组81:看看我的vcf文件的vaf分布情况文末我提到了一篇文章里面画出了TCGA的一个tumor样本的somatic ...

前景提要通过之前的学习,我们现在已经学会了如何批量打开工作薄,判断工作薄是否打开等操作,批量汇总工作薄的基本操作基本上都已经学了一遍了,相信聪明的你已经能够明白这些操作的方法了,那么今天我们就开始进 ...

本文首发于公众号"生信补给站",https://mp.weixin.qq.com/s/WG4JHs9RSm5IEJiiGEzDkg 之前介绍了使用maftools | 从头开始绘制 ...

吓死我了! 前面我们讲到了可以把突变文件注释到dbsnp数据库,而dbsnp数据库信息非常丰富,比如我们可以看 ##INFO=<ID=SAO,Number=1,Type=Integer,Desc ...

君子生非异也,善假于物也 --<荀子·劝学> 上游分析请看生信技能树的历史教程假设你已经全面学习了肿瘤外显子测序数据的分析,得到了你所有配对样本的somatic mutation信息,而 ...

完全看懂这个教程需要的背景知识比较多! 生信技能树GATK4系列教程 GATK4的gvcf流程你以为的可能不是你以为的新鲜出炉的GATK4培训教材全套PPT,赶快下载学习吧曾老湿最新私已:GAT ...

半年前我就系统性的介绍过:TCGA的pan-caner资料大全(以后挖掘TCGA数据库就用它) 还专门指出了癌症的somatic突变的maf文件问题:TCGA数据库maf突变资料官方大全但是最近收到 ...

前面我们详细讲解过,sanger研究所科学家[1]提出来了肿瘤somatic突变的signature概念 ,把96突变频谱的非负矩阵分解后的30个特征,在cosmic数据库可以学习它.不同的特征有不同 ...

不是maf格式的somatic突变数据就没办法读入到maftools了么