使用R包下载TCGA全部癌症的somatic突变信息

赞 (0)

相关推荐

  • maftools : 总结、分析、可视化

    转自:程凉皮儿:https://www.jianshu.com/p/7b02459defedmaftools_2clp02 June, 2020maftools : 总结.分析.可视化 MAF文件ma ...

  • 下载TCGA所有癌症的maf文件计算TMB

    明白什么是TMBTMB (Tumor mutation burden)的定义:癌症样本全基因组中去除胚系DNA变异后体细胞突变数目.比如Lawrence,MS团队在Nature上发表的研究中,将超过1 ...

  • 下载TCGA所有癌症的maf文件做signature分析

    才sanger研究所已经做好了这个分析,但是值得我们重复一下,效果如下: TCGA所有癌症的mutation signature 首先TCGA所有癌症的maf文件 maf格式的mutation记录文件 ...

  • 手把手教你用R语言下载TCGA数据：UCSCXenaTools – sci666

    各位朋友,大家好,今天我们继续分享关于TCGA数据下载的专题,之前给大家推出了四个推文,全部是无代码进行数据下载,如果我们想进一步提升自己的水平,那我们从今天开始,开启R语言编程下载TCGA数据教程推 ...

  • TCGA各大癌症的somatic突变全景图鸟瞰(动态交互)

    前面我们开通了明码标价专栏: ATAC-seq项目的标准分析仅收费1600 单细胞转录组的质控降维聚类分群和生物学注释仅收费800 普通转录组上游分析仅收费800 公共数据库的WGCNA分析仅需800 ...

  • 使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据

    前些天被TCGA的终结新闻刷屏,但是一直比较忙,还没来得及仔细研读,但是笔记本躺着的一些TCGA教程快发霉了,借此契机好好整理一下吧,预计二十篇左右的笔记 --jimmy 第一篇目录 TCGA数据源 ...

  • TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据

    前些天被TCGA的终结新闻刷屏,但是一直比较忙,还没来得及仔细研读,但是笔记本躺着的一些TCGA教程快发霉了,借此契机好好整理一下吧,预计二十篇左右的笔记 --jimmy 往期目录如下: 使用R语言的 ...

  • TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGAToolbox包获取TCGA数据

    前些天被TCGA的终结新闻刷屏,但是一直比较忙,还没来得及仔细研读,但是笔记本躺着的一些TCGA教程快发霉了,借此契机好好整理一下吧,预计28篇教程! --jimmy 往期目录如下: 使用R语言的cg ...

  • TCGA（转录组）差异分析三大R包及其结果对比

    最近我们最优秀的R语言讲师小洁也开启了TCGA知识库打卡之旅,分享一下她其中一个学习成果,TCGA(转录组)差异分析三大R包及其结果对比. 如果你跟着她的教程学会了相关分析,可以尝试完成一个学徒作业: ...

  • 【紧急通知】下载R包却联网失败？初学者的痛

    Windows电脑使用R语言有几个绕不过去的坑,就是管理员权限,中文用户名等等,所以我们开展R语言学习班,都需要重新发几次:Windows电脑使用Rstudio会有多少错误呢 ,有一个联网问题本来是疑 ...