下载TCGA所有癌症的maf文件计算TMB / 开普饭

作者大乘我们在看一份基因检测报告时,常常会看到有对肿瘤突变负荷(TMB)的描述.那么,什么是TMB?这个TMB检测有什么临床意义? 肿瘤突变负荷(Tumor Mutation Burden, TM ...

臻和科技携手复旦大学附属华山医院-陈志明主任发表研究于"Aging(Albany NY)"(IF:4.831):本研究采用臻和百适博产品进行检测. 本期导读大量研究表明,免疫治疗 ...

随着免疫治疗在实体肿瘤以及恶性血液肿瘤中传来的佳绩,说其火到"飞入寻常百姓家"的程度也不为过,但是目前差不多只有20%-40%的肿瘤患者对免疫治疗是可以获益的,盲目的尝试免疫治疗新 ...

转自:程凉皮儿:https://www.jianshu.com/p/7b02459defedmaftools_2clp02 June, 2020maftools : 总结.分析.可视化 MAF文件ma ...

引言肿瘤(包括癌症及其他恶性肿瘤)的本质是细胞恶性增殖,父本或母本遗传,或病毒以及外界刺激诱导自身基因突变,都可能激活原癌基因或使抑癌基因失活,形成肿瘤,通过多次变异.选择和扩增,肿瘤细胞会从早 ...

这两天"王院长"帮别人分析snv数据,顺便给我推荐了一个R包:maftools.我看了一下官网,感觉是个非常强大的R包.那必须要学习起来~实际上网上已经有很多教程了,但都是用maf ...

才sanger研究所已经做好了这个分析,但是值得我们重复一下,效果如下: TCGA所有癌症的mutation signature 首先TCGA所有癌症的maf文件 maf格式的mutation记录文件 ...

半年前我就系统性的介绍过:TCGA的pan-caner资料大全(以后挖掘TCGA数据库就用它) 还专门指出了癌症的somatic突变的maf文件问题:TCGA数据库maf突变资料官方大全但是最近收到 ...

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为了完成这个小探索,遇到了一个以前从来没有注意的问题,就是不同数据库对基因注释的记录差异问题. https://mp.weixin.qq.com/s/2QJvQxVECcxpJIsId1pHYA ht ...

好久没有写TCGA数据库教程了,因为TCGA计划早在2017年就陆陆续续停止了,我那个时候写了几百个教程并且录制了视频. 我三年前的TCGA教学视频课程B站地址:https://www.bilibil ...

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