maftools : 总结、分析、可视化 / 开普饭

jimmy 生信技能树联盟创始人有这个想法很久了,我教了很多人如何批量下载TCGA数据,以及分析各个癌症的somatic突变信息以及TMB,还有突变的特征频谱. 下载TCGA所有癌症的maf文件计算 ...

大家好,我是生信技能树学徒,前面我们带来了大量的表达数据挖掘实战演练,但是TCGA数据库之丰富程度,值得我们花费多年时间继续探索,现在带来的是突变全景图,如果你对之前的教程感兴趣,可以点击学习菜鸟 ...

每个癌症都去找各自的肿瘤突变maf文件很麻烦,所以我们才会选择 PanCanAtlas Publications Scalable Open Science Approach for Mutation ...

使用 XENA下载的TCGA-LAML.mutect2_snv.tsv文件绘制基因词云和突变景观图. 一基因词云有小伙伴在https://mp.weixin.qq.com/s/DvX_pKPF9b ...

看到一个很简单的临床工作文章,标题是:<Association of Body Mass Index With Somatic Mutations in Breast Cancer>,发表 ...

本笔记来源于福建医科大学研究生前些日子,老师给了我一份大纲并让我重启一下机器学习的系列,但是我看完之后发现,可能是由于老师在写大纲的时间比较早,并且也长时间没更新,导致内容略微有些过时,于是我打算用 ...

我们在前面的教程:不是maf格式的somatic突变数据就没办法读入到maftools了么,提到了假如小伙伴们是在在 https://xenabrowser.net/datapages/ ,找到 G ...

好奇怪,最近大家完成学徒作业的积极性很差,是习题太难了吗?一个简单突变位点做生存分析居然拖了一两个月才有人提交笔记!前面的题目见:学徒作业-两个基因突变联合看生存效应 (2020-04-26出题),下 ...

看到发表在nature的 Article | Published: 23 October 2008 ,文章标题很简单,是:Somatic mutations affect key pathways i ...

为了分析不同类型.组织起源肿瘤的共性.差异以及新课题.TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划.参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov ...

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA.GEO, SEER数据挖掘. 2020年3月美国马里兰州巴尔的约翰霍普金斯大学彭博公共卫生学 ...

疫情期间发布了<肿瘤基因测序数据分析>课程,: 官方链接是:https://www.bilibili.com/video/BV1Sy4y1S7pz/ 课程思维导图:https://mubu ...

如果你不懂代码,不懂网站规则,那么最简单的就是直接使用UCSC xena 浏览器啦!!!网站:https://xenabrowser.net/datapages/ 理论上也可以完成大部分数据探索的,甚 ...

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