你熟悉的GSEA GO KEGG的局限性在哪里？ / 开普饭

为了分析不同类型.组织起源肿瘤的共性.差异以及新课题.TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划.参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov ...

长期更新列表: 使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据(cBioPortal)TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据 (离线打包版本)TCGA的28篇教程- 使用R语言的R ...

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这两天"王院长"帮别人分析snv数据,顺便给我推荐了一个R包:maftools.我看了一下官网,感觉是个非常强大的R包.那必须要学习起来~实际上网上已经有很多教程了,但都是用maf ...

Enhanced B7-H4 expression in gliomas with low PD-L1 expression identifies super-cold tumors在PD-L1低表达 ...

测序上游分析系列: mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵:上中游分析pipeline miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline:从raw reads,鉴定已知miR ...

为了分析不同类型.组织起源肿瘤的共性.差异以及新课题.TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划.参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov ...

看到一个很简单的临床工作文章,标题是:<Association of Body Mass Index With Somatic Mutations in Breast Cancer>,发表 ...

转自:程凉皮儿:https://www.jianshu.com/p/7b02459defedmaftools_2clp02 June, 2020maftools : 总结.分析.可视化 MAF文件ma ...

要分析测序数据,一般都会想到的是TCGA (当然GEO上也有部分的测序数据).但TCGA上只有肿瘤的相关研究,我们如想要研究其他疾病,甚至研究其他物种的测序数据, 其实可以看点别的,比如上EMBL-E ...

我们有很多学徒数据挖掘任务,已经完成的目录见:学徒数据挖掘专题半年目录汇总(生信菜鸟团周一见) 欢迎大家加入我们的学习团队,下面看FPKM文件后该怎么下游分析文献标题是:Oncogenic lncR ...

接上文DESeq2差异表达分析质量控制--样品水平 DESeq2工作流程的下一步是QC,它包括样本级和基因级的步骤,对计数数据执行QC检查,以帮助我们确保样本/重复看起来很好. RNA-SEQ分析 ...

本笔记来源于福建医科大学研究生前些日子,老师给了我一份大纲并让我重启一下机器学习的系列,但是我看完之后发现,可能是由于老师在写大纲的时间比较早,并且也长时间没更新,导致内容略微有些过时,于是我打算用 ...

Integrated profiling identifies caveolae‐associated protein 1 as a prognostic biomarker of malignanc ...

人类研究中的管家基因定义我就不多说了,不懂的自行去搜索了解. 早在2003年,Su et al. 等人就发表了文章List of housekeeping human genes derived f ...

一款操作简单.快速有效的TCGA数据挖掘分析的网站工具---UALCAN . UALCAN (http://ualcan.path.uab.edu/index.html)是一个基于PERL-CGI.j ...

你熟悉的GSEA GO KEGG的局限性在哪里？