TCGA的28篇教程-GTEx数据库-TCGA数据挖掘的好帮手 / 开普饭

关于TCGA表达数据的分析.之前我们我们介绍过.目前可能用的最多的也就是GEPIA了.之前在GEPIA2发表的时候(GEPIA I, GEPIA II),我们对这个数据库进行了介绍.最近.GEPIA的 ...

之前我们在介绍GEPIA的时候,说这个数据库只能用于TCGA表达数据的一些分析.但是对于TCGA数据而言,里面包括相同样本的表达.突变.拷贝数.甲基化以及临床信息等数据,所以我们其实可以利用TCGA数 ...

我们在进行数据库介绍,尤其是肿瘤相关数据库的时候,经常会提到说这个使用了 TCGA/GTEx 数据库的数据,那么这两个数据库到底是什么呢?为什么会有用这两个数据库呢?另外呢,由于最近ICGC提的也比 ...

研究背景: 肺腺癌(LAD)是最普遍的肺癌类型.据报道,UDP-N-乙酰氨基葡糖焦磷酸化酶1(UAP1)的异常表达与癌细胞的许多生物学过程有关,但尚不清楚LAD中UAP1的表达. 研究方法: 生物信息 ...

之前我们发布了单基因泛癌分析相关的文章,包括 TCGA单基因免疫相关泛癌分析 TCGA单基因免疫相关泛癌分析-进阶版本 TCGA单基因泛癌分析:富集分析结果答疑这里有单基因在每种肿瘤中的表达图,仅限 ...

GEPIA(http://gepia.cancer-pku.cn/index.html)这个工具可以说是分析TCGA数据库数据分析工具中比较简单好用的工具了,包括生存分析,表达差异分析,相关性分析等, ...

解螺旋公众号·陪伴你科研的第2590天无代码生信复现大家好,我是Jerry,今天我给大家分享一篇最新的单基因泛癌生信文章,该文章是发表于Frontiers in Immunology杂志上,最新影 ...

众所周知,癌症具有异质性,在乳腺癌领域,不同亚型的癌症比不同器官来源癌症的差异要大很多.最简单癌症分类,当然是一个基因,比如ER阳性或者ER阴性的乳腺癌患者,并不是说人类有2万多个蛋白编码基因就可以有 ...

昨天介绍的TC3A是基于TCGA肿瘤数据来进行分析的,而这次的这个APA atlas (https://hanlab.uth.edu/apa/)则是基于GTEx的数据来分析的.如果不清楚TCGA和GT ...

相信绝大多数研究肿瘤的科研工作者的工作都离不开某个特定的基因,现在绝大部分的单基因的生信文章也都有这么一个图,我就随便列举一些文章的Figure1 比如再比如再比如再比如再比如再比如再比如 ...

前两天我们介绍了一下刚刚发表的泛癌的全基因组在线数据工具汇总的文章.同时也介绍了一下关于ICGC的使用,在那个文章里面提到了五个在线分析PCAWG的工具,今天就来介绍另外一个:UCSC XENA. 1 ...

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