泛癌全基因数据分析工具推荐：UCSC XENA / 开普饭

学TCGA数据库并不是为了发"套路"文章,那些基本上是本科生毕业设计的水准,但是阅读这样的文章的确可以很大程度上帮助大家认识TCGA数据库,主要是了解它可以做什么,比如我昨天在生信 ...

下面是2021第一期生信入门微信群答疑精选200题有免疫相关基因集下载的地方吗?还是有专门的包解决这个问题搜索我们生信技能树公众号历史教程,请看:免疫相关基因数量到底是多少个老师,课前安装的软件 ...

解螺旋公众号·陪伴你科研的第2590天无代码生信复现大家好,我是Jerry,今天我给大家分享一篇最新的单基因泛癌生信文章,该文章是发表于Frontiers in Immunology杂志上,最新影 ...

导语 DNA甲基化是当前研究最多的表观遗传修饰,对于促进胚胎发育,基因组印记和X染色体失活等重要生物过程至关重要.在甲基化研究的技术手段中,HM450K芯片在癌症甲基化组数据集中占主导地位.TCGA数 ...

关于表达芯片的公共数据库挖掘我这边以及差不多把改写的推文在2年前就写完了,但表达芯片毕竟只占芯片市场的半壁江山,还有大量的非表达芯片,比如大名鼎鼎的甲基化芯片.关于甲基化,我们公众号教程非常少,主要是 ...

作者:白介素2UCSC xena数据存储中心总览UCSC xena的数据存储仓库主要包括的数据有以下这些:TCGA hubPan-Cancer Atlas HubICGC hubUCSC Toil ...

gtf文件大家都了解,基因或者外显子的坐标相对独立,但是转录本很不一样,同一个基因的不同转录本共用外显子,这样的话它们的坐标其实很多都是overlap的,这样,我们的二代测序的100bp或者150bp ...

写在前面关于ICGC的数据库,我们之前有过一个简单的介绍,具体的可以参见第二条.今天的这个部分,只是来介绍一下关于在PCAWG分析的时候,ICGC的使用.其中涉及到的一些检索和分析的过程.其实也适用 ...

所谓的泛癌分析我们都知道在TCGA数据库当中,包括了33种所有实体肿瘤的测序的结果(如果不知道的话,可以看我们今天的第二条推送哦!).我们在进行TCGA数据分析的时候,除了可以对单一的癌种进行分析之 ...

来源:CSDN博主「BAZHUAYUdata」作者阿什利·韦尔登 Part 1:数据采集工具 1 .八爪鱼八爪鱼是一款免费的.简单直观的网页爬虫工具,无需编码即可从许多网站抓取数据.无论你是初学者 ...

2021年4月27日"数字探索触手可及"永洪科技新品发布会在北京成功举办. 发布会上,永洪科技面向个人用户带来了一款颠覆行业,人人都可轻松上手使用的桌面智能数据分析工具--Yon ...

2021年4月16日-18日,由动脉网主办,苏州市吴江区人民政府.广东省钟南山医学基金会联合主办,苏州市吴江东方国有资本投资经营有限公司协办,阿里健康作为独家战略合作伙伴的"第五届未来医疗1 ...

为了分析不同类型.组织起源肿瘤的共性.差异以及新课题.TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划.参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov ...

为了分析不同类型.组织起源肿瘤的共性.差异以及新课题.TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划.参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov ...

为了分析不同类型.组织起源肿瘤的共性.差异以及新课题.TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划.参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov ...

为了分析不同类型.组织起源肿瘤的共性.差异以及新课题.TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划.参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov ...

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