TCGA泛癌全基因组分析（PCAWG）介绍 / 开普饭

大家好,今天要和大家分享的是2021年6月发表的一篇文章:"Pan-cancer methylation analysis reveals aninverse correlation of ...

为了分析不同类型.组织起源肿瘤的共性.差异以及新课题.TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划.参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov ...

TCGA的Pan-Cancer早在2013就系统性提出来并且规划好了,见Nat. Genet. 2013 45:1113), 因为TCGA计划涉及到数据类型比较多,仅仅是DNA层面就有WGS,WES, ...

最近谈到癌症的话题,可能让人立马谈"病"色变.但是早在两年前,一个生物学家利用数据分析,成功治好了自己的癌症. 为了生存奋斗 Sherley Pepke博士作为一名计算生物学家,妻 ...

相信绝大多数研究肿瘤的科研工作者的工作都离不开某个特定的基因,现在绝大部分的单基因的生信文章也都有这么一个图,我就随便列举一些文章的Figure1 比如再比如再比如再比如再比如再比如再比如 ...

癌症是一种基因病,由体细胞癌基因突变引起.早在2001年对首个人类基因组进行测序后,肿瘤的全面基因组表征就成为癌症研究人员的一个主要目标.从那时起,测序技术和分析工具取得的进展使得这个研究领域蓬勃发展 ...

启帆精读 ZKQF 2018年宫颈癌占所有癌症相关死亡病例的3.3%.在20-39岁年龄组,宫颈癌是女性因癌症死亡的第2大原因.80%-90%的宫颈癌为鳞状细胞癌,宫颈鳞状细胞癌主要治疗方法为手术. ...

前两天我们介绍了一下刚刚发表的泛癌的全基因组在线数据工具汇总的文章.同时也介绍了一下关于ICGC的使用,在那个文章里面提到了五个在线分析PCAWG的工具,今天就来介绍另外一个:UCSC XENA. 1 ...

写在前面关于ICGC的数据库,我们之前有过一个简单的介绍,具体的可以参见第二条.今天的这个部分,只是来介绍一下关于在PCAWG分析的时候,ICGC的使用.其中涉及到的一些检索和分析的过程.其实也适用 ...

前几天一直在和大家分享一些关于3'UTR以及3'UTR当中的APA(Alternative Polyadenylation)的东西,为什么要花这么久的时间分享这些呢?主要还是看到了两篇利用 TCGA ...

长期更新列表: 使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据(cBioPortal)TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据 (离线打包版本)TCGA的28篇教程- 使用R语言的R ...

最近写了一段代码,基于肿瘤TCGA数据库进行一系列分析.只要输入基因名,就可以得到以下结果(注意:只能是mRNA的gene symbol) 1 泛癌表达:该基因在33种肿瘤中的表达 2 差异表达:肿瘤 ...

前段时间我们推出了TCGA单基因泛癌分析,详见 TCGA单基因免疫相关泛癌分析(应要求,对出图添加更细致的描述) TCGA单基因免疫相关泛癌分析-进阶版本其中GO,KEGG和GSEA富集分析我们是使 ...

之前我们发布了单基因泛癌分析相关的文章,包括 TCGA单基因免疫相关泛癌分析 TCGA单基因免疫相关泛癌分析-进阶版本 TCGA单基因泛癌分析:富集分析结果答疑这里有单基因在每种肿瘤中的表达图,仅限 ...

洛阳有"千年帝都,牡丹花城"的美誉 "洛阳地脉花最宜,牡丹尤为天下奇" 牡丹花品种多种多样,你能认出来几种? 给你洛阳2021最全牡丹品种介绍再也不用到处问 ...

TCGA泛癌全基因组分析（PCAWG）介绍