PAM50的概念及分子分型算法原理 / 开普饭

文献解读数据下载及理解差异性分析差异基因的富集分析 TNBC定义 PAM50的介绍在临床实践中,就需要HR阳性,HER2阴性乳腺癌的预后和预测模型,为了实现这些目的,基因检测,如Oncotyp ...

前面的教程:estimate或者CIBERSORT结果真的是很好的临床预后指标吗,我们针对 estimate 的StromalSignature 和 ImmuneSignature 这样的打分值进行 ...

在前面的教程:居然有如此多种癌症(是时候开启pan-cancer数据挖掘模式),我们把全部的TCGA的33种癌症的表达量矩阵区拆分成为蛋白编码基因和非编码基因这两个不同的表达量矩阵,并且保存成为了rd ...

长期更新列表: 使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据(cBioPortal)TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据 (离线打包版本)TCGA的28篇教程- 使用R语言的R ...

前面我布置了一系列学徒作业,其中有一个虽然是单一作业,但是工作量相当于一个本科毕业设计:<GEO数据挖掘课程>配套练习题,关于这个课程学徒也写了一系列笔记:学徒写的<GEO数据挖掘课 ...

这个需求实在是太常见了,很多时候我们下载的表达矩阵,都是基因的探针ID作为行名来标记,如下: 这个变量是 dat,一个表达矩阵, 所以需要对探针进行注释,并且筛选. 首先看看注释的结果: 很明显可以看 ...

前言前面的教程里面,我们首先根据 CNS图表复现08-肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则进行了初步分群,如下所示: immune (CD45+,PTPRC), epithelial/cancer (E ...

前面我在生信技能树推文:你确定你的差异基因找对了吗? 提出了文章的转录组数据的60个样品并没有按照毒品上瘾与否这个表型来区分,而是不同人之间的异质性非常高,这个时候我提出来了一个解决方案,就是理论上就 ...

(现在学习量和弹幕都非常少,大家的机会来了哦!) https://www.bilibili.com/video/av81874183 前奏最近做的生存分析都是奇奇怪怪的,从来没有重复出作者的图.哈哈 ...

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA.GEO数据挖掘. 这一节的内容包括应用 GEOquery包下载芯片数据,提取表达矩阵,提取m ...

前面我们演示了:泛癌分析时候的大样本量多分组建议选择tSNE而不是PCA,整合全部的33种癌症的仅仅是蛋白质编码基因的表达量矩阵,进行降维聚类分群可以看到并不是严格的各个癌症泾渭分明. 其中很明显乳腺 ...

最近接到粉丝提问,感兴趣的数据集做差异分析,发现很勉强,不好把握.因为我以前在生信技能树写过教程:PCA都分不开的两个组强行找差异是为何,所以征求我的意见.但是我很忙啊,所以就把这个数据集安排给了实习 ...

学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信技能树的舞台交给后辈了!(视频观看方式见文末) 下面是<GEO数据挖掘课程>的配套笔记(第二篇) 了解数据挖掘公共数据库:(数据来源) GEO和TCG ...

前 · 言第二单元第八讲:乳腺癌领域之PAM50分类什么是PAM50 首次接触这个名词肯定很蒙,因为它是乳腺癌领域的分类名词,需要看许多资料才能了解,我也一样,看了一些推文.英文资料.文 ...

前面我们介绍了一些背景知识,主要是理解什么是DNA甲基化,为什么要检测它,以及芯片和测序两个方向的DNA甲基化检测技术.具体介绍在:甲基化的一些基础知识,也了解了甲基化芯片的一般分析流程 . 然后下载 ...

作者 | 单细胞天地小编刘小泽课程链接在:http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?cid=55 这次会介绍如何对不同谱系的差异基因分类注 ...

最近学员群又有人问到了 Agilent-012391 Whole Human Genome Oligo Microarray G4112A 这样的芯片数据,我让学生打包数据成为rdata发给我,我检查 ...

在前面的教程:居然有如此多种癌症(是时候开启pan-cancer数据挖掘模式),我们把全部的TCGA的33种癌症的表达量矩阵区拆分成为蛋白编码基因和非编码基因这两个不同的表达量矩阵,并且保存成为了rd ...

基因与环境互作 1. 环境「参考:」 ❝ http://www.isbreeding.net/common/UploadFiles/file/teaching/%E6%95%B0%E9%87%8F% ...

肿瘤免疫微环境我们讲了很多了,目录是: estimate的两个打分值本质上就是两个基因集的ssGSEA分析针对TCGA数据库全部的癌症的表达量矩阵批量运行estimate 不同癌症内部按照estim ...

PAM50的概念及分子分型算法原理