多个探针对应同一个基因取最大表达量探针极简代码 / 开普饭

众所周知,癌症具有异质性,在乳腺癌领域,不同亚型的癌症比不同器官来源癌症的差异要大很多.最简单癌症分类,当然是一个基因,比如ER阳性或者ER阴性的乳腺癌患者,并不是说人类有2万多个蛋白编码基因就可以有 ...

我的GEO芯片数据分析教程本来就是为粉丝写的,基本上就是生信菜鸟团QQ群的诸位问什么,我就临时搜索整理讲解那个知识点,非常融洽,目录如下: 第一讲:GEO,表达芯片与R 第二讲:从GEO下载数据得到表 ...

前些天我发现了乳腺癌领域的PAM50算法原理探索,在:PAM50的概念及分子分型算法原理 ,其实并不难,然后我注意到他们在挑选50个基因的时候,提到了多个探针对应同一个基因到底该如何取舍原文是:F ...

为了分析不同类型.组织起源肿瘤的共性.差异以及新课题.TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划.参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov ...

这么简单的问题,总是有人问,而且总是有人不搜索就到处问,本来我是很生气的,后来想一想,应该是我们没有教会大家搜索,也不能全部怪新手. 以前我都是建议大家取最大表达值探针来作为基因的表达量,其实最大值也 ...

我们都知道不同的物种在进化过程中其实共享很多基因的,尤其是哺乳动物,同一个基因虽然在不同的物种序列不完全一样,位于的染色体也不一样,发挥的功能可能也稍微有点区别,但是他们的相似性非常高!根据相似性就可 ...

使用bioconductor注释包如果该芯片平台有对应的bioconductor注释包,只有约90个常用的芯片有! 比如: library(hgu133a.db) ids=toTable(hgu13 ...

第一次是:TCGA的28篇教程-风险因子关联图-一个价值1000但是迟到的答案第二次是:(重磅!价值一千元的R代码送给你)芯片探针序列的基因组注释其中第二个教程是纯粹的R代码技巧,怕粉丝看不懂,我 ...

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