TCGA数据差异分析后生存分析（批量单因素cox回归/Lasso筛选，多因素cox建模，时间依赖ROC曲线及KM plot可视化） / 开普饭

缘起松哥统计说诊断试验必备之工具ROC曲线,其曲线下面积AUC(area under curve)最大为1,越大反映该指标诊断效能越好;AUC=0.5表示该指标无诊断价值: 然而该ROC曲线图中, ...

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA.GEO, SEER数据挖掘. KM生存分析如何取最佳cutoff KM生存分析中通常取中位 ...

最近接到粉丝的TCGA分析需求,想看看指定基因在指定癌症是否具有临床意义(也就是生存分析是否有统计学显著效果咯!)其实很早以前我在生信技能树就号召粉丝讨论过这个问题:集思广益-生存分析可以随心所欲根据 ...

有一些五六年前的学生们都成长为了各个生物信息学相关公司的小领导,而且他们都有了自己的公众号,知乎号,也算是一番人物.最近他们跟我反馈面试找不到或者说很难直接考核筛选到认真干活的生信工程师,挺有意思的. ...

参考:共由小兑 https://www.jianshu.com/p/1be8c349dd9f TARGET ( Therapeutically Applicable Research To Gene ...

通常情况下,通过以下几种指标来对模型进行评价. 1)区分度:采用指标C-index和ROC曲线来评价区分度,一般文章都是二选一. C-index即一致性指数(index of concordance) ...

前面的教程:estimate或者CIBERSORT结果真的是很好的临床预后指标吗,我们针对 estimate 的StromalSignature 和 ImmuneSignature 这样的打分值进行 ...

首先,我们这里是介绍使用survival这个包来做. 软件的安装:install.packages(survival) 加载包:library(survival) 我们这里利用R自带的数据进行分析. ...

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA.GEO数据挖掘. Cox比例风险模型诊断 Cox比例风险模型的建立是基于几个假设之 ...

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA.GEO数据挖掘. R语言生存分析生存分析是医学数据挖掘中的重要内容 R语言中用于生存分析 ...

参考生信交流平台 https://zhuanlan.zhihu.com/p/339754573欢迎关注微信公众号"生信交流平台"6 人赞同了该文章前面我们讲过一个R函数搞定风险评 ...

TCGA数据差异分析后生存分析（批量单因素cox回归/Lasso筛选，多因素cox建模，时间依赖ROC曲线及KM plot可视化）