DESeq2差异表达分析(二) / 开普饭

TCGA转录组数据在完成差异分析后,我们通常希望系统地获取这些成百上千的差异基因的功能信息,帮助我们分析下游实验的思路.面对大量的差异基因,逐个查询基因功能是不切实际的.所以我们需要借助基因功能富集分 ...

利用R包DEseq2进行差异表达分析和可视化 count数矩阵差异分析 1. 安装并载入R包 2. count数矩阵导入并对矩阵进行数据处理 3. 查看样本相关性并采用热图展示 4. hclust对 ...

16s分析到多样性后我们就开始对差异OTU 进行挑选基于原始count数目,我们参考两个包来做差异分析: library(DESeq2) library(edgeR) 这里当时是首先使用edgeR包 ...

今天我们来学习R语言DESeq2包,原理什么的后不说,在操作过程中点缀一下,等四个差异包推送完成后,咱们在对这四个包做差异分析的原理做一个比较分析: 这个包适用于: 高通量数据分析过程中,基于coun ...

前两天我向大家推了16s做差异分析的两个包(没有看的请点击下面链接): 1.16s分析之差异分析(DESeq2) 2.16s分析之差异OTU 挑选(edgeR) 差异做出来了如何展示,也是一个值得思考 ...

本文为群中小伙伴进行的一次差异分析探索的记录. 前段时间拿到一个RNA-seq测序数据(病人的癌和癌旁样本,共5对)及公司做的差异分析结果(1200+差异基因),公司告知用的是配对样本的DESeq分析 ...

在前文scRNA-seq marker identification(二),我们我们提到了差异分析,下面我们来详细了解下学习目标了解如何准备用于pseudobulk差异表达分析的单细胞RNA-se ...

差异表达分析之FDR 随着测序成本的不断降低,转录组测序分析已逐渐成为一种很常用的分析手段.但对于转录组分析当中的一些概念,很多人还不是很清楚.今天,小编就来谈谈在转录组分析中,经常会遇到的一个概念F ...

来源:威科先行财税信息库更新时间:2021-03-24 10:03:03 日期:2021年3月23日作者:Lucky Town 戎二.亚马逊欧洲业务重组背景信息 (一)亚马逊 ...

随着单细胞测序技术的流行,我们对复杂疾病和性状的理解从patient,tissue的表达谱(bulk RNA-seq)到单个细胞的表达谱(single cell RNA-seq).究其原因,在于bul ...

GEO虽是一个宝库,但是使用GEO进行数据分析可不是一件简单的事! 首先,GEO的数据检索非常不方便,例如,我想获取有预后信息的乳腺癌数据,显然使用GEO官方检索起来很难. 其次,GEO大部分数据都基 ...

于是,TBtools - RNAseq 全家桶到位! 写在前面很久很久以前,TBtools 解决了 RNAseq 数据分析中几个常见问题: 基因功能注释,NR,SWISSPROT,GO注释等基因集 ...

[导语]数学可以训练你的思维能力,思维方式.当然最重要的是与自己能在社会上生活有关,你想找到好的工作,基本都是和数学都是有关系的.因此从小的学习十分有必要.以下是无忧考网整理的相关资料,希望对您有所帮 ...

往期文章: <2021年流年运势分析(紫微在寅申)> 2021辛丑年紫微在卯酉基本盘流年运势分析一.紫微在卯 1.财官方面在事业上流命.流官都是天府星系,代表这一年在事业上以守成.协调 ...

DESeq2差异表达分析(二)