什么？你还在用GEO2R进行差异表达分析
GEO虽是一个宝库，但是使用GEO进行数据分析可不是一件简单的事！
首先，GEO的数据检索非常不方便，例如，我想获取有预后信息的乳腺癌数据，显然使用GEO官方检索起来很难。
其次，GEO大部分数据都基因芯片数据，不能直接用于转录组分析。需要把芯片的表达转换为基因的表达，这就要求用户有一定的编程能力。
再次，即使你有一些编程能力，你还需要熟悉各种分析方法。对于非生信专业来说，这显然非常头大。
GEO官方也意识到了这些问题，提供了GEO2R功能，可是这对于广大用户来说，还是远远不够。作为一个工具人，于是就有了easyGEO（https://easygeo.cn），正如其名，就是为了使用GEO更容易一些。下面就以获取乳腺癌差异基因为例说明easyGEO的用法。
一、检索数据
打开easyGEO地址：https://easygeo.cn。
点击“查看更多”按钮，跳转到GEO数据列表页面。
疾病选择：“breast cancer”。 选中“生存数据”复选框。
这样就可以看到所有有预后信息的乳腺癌数据了。由于我们需要对正常样本与乳腺癌样本进行差异表达分析，还需要有正常样本，这里选择数据GSE52568(https://easygeo.cn/#/series/GSE42568)进行差异表达分析。
二、数据预处理
在数据详情页面，点击“数据预处理”按钮即可进入。
在预处理页面只需要关注一个参数，那就是基因名称所在列，easyGEO会根据该列将探针转换为基因。哪一列是基因名称所在列可以在平台的注释信息（点击“平台信息”按钮），本例中为Gene Symbol。
点击开始预处理按钮即可进行数据预处理。
三、差异表达分析
待预处理完成，在预处理任务的右侧即可进入差异分析流程。
使用在线工具进行分析的时候，往往会碰到一个很棘手的问题，虽然工具提供的功能很好，但是往往需要用户把数据下载下来进行处理，得到特定的格式之后再把结果上传，然后再使用在线工具进行分析。一个常见的场景就是分组。
例如：
需要根据临床信息表中的年龄数据、肿瘤大小等连续数据分为高低两组。 临床信息表中的分组数据的合并，例如癌症IIa、IIb两个分期需要合并为同一个分期。
为了解决上述问题，easyGEO内置了一个分组工具。关于分组工具的使用方法见如何使用easyGEO分组工具（https://easygeo.cn/#/faqs/using-easyGEO-grouping-tool）。本例中使用tissue列快速新建分组。
这个时候，如果不需要调整参数，直接点击生成报告就可以了。查看示例报告（https://apts.gaptools.cn/media/geo/1414486662113001472/easyGEO-de-GSE42568-61560.pdf）。