转录组差异表达分析和火山图可视化 / 开普饭

前面我出了一个学徒作业,下载表达矩阵后绘制PCA图及热图,然后理解作者给出的RPM和raw_counts的差异,详见:理解RNA-seq表达矩阵的两个形式很意外,12月学徒肖一僧居然吭哧吭哧的完成了 ...

本文为群中小伙伴进行的一次差异分析探索的记录. 前段时间拿到一个RNA-seq测序数据(病人的癌和癌旁样本,共5对)及公司做的差异分析结果(1200+差异基因),公司告知用的是配对样本的DESeq分析 ...

我本身是不喜欢把差异分析这种需求包装成软件的,甚至它都算不上软件.当然,我也很不太喜欢写软件(需要考虑太多的用户意外),不过,总有一天我还是得面对.为什么让大家试一下我的 `差异分析软件` ,其实是想 ...

因为没拿到raw counts,拿到的是DESeq2 normlized matrix,为了有谱,拿airway数据用DESeq2处理两次,看下结果,比较一下是不是可行! 可行性以及解释,各位看官,往 ...

rm(list = ls()) ## 魔幻操作,一键清空~ options(stringsAsFactors = F)#在调用as.data.frame的时,将stringsAsFactors设置为 ...

软件安装安装bioconda: 去官网下载和自己电脑系统一样的版本 https://conda.io/miniconda.html 下载完后,双击解压,然后cd 到文件目录,开始安装. # 安装 b ...

今天我们来学习R语言DESeq2包,原理什么的后不说,在操作过程中点缀一下,等四个差异包推送完成后,咱们在对这四个包做差异分析的原理做一个比较分析: 这个包适用于: 高通量数据分析过程中,基于coun ...

任务载入表达矩阵,然后设置好分组信息用DEseq2进行差异分析,也可以走走edgeR或者limma的voom流程基本任务是得到差异分析结果,进阶任务是比较多个差异分析结果的异同点. 了解差异基因 ...

写教程的话,我的优点仅仅是量大,坚持了七年多写了超1万篇教程.但实际上绝大部分都浮于表面,深度不够. 恰好最近看到了一个超级优秀的博客,安排了其中几篇给学徒们翻译和理解,超级值得读! 下面是七月优秀学 ...

Seurat4.0系列教程告一段落,但这决不是终点.这个系列教程只是给大家打开一扇窗,知道Seurat4.0有这些功能可用,少走弯路,起到一个抛砖引玉的作用,后续还要自己深入研究.不要像我当初入门单细 ...

写在前面最近做了一些转录组数据分析.想想,上一次这么精细地分析转录组数据,都是三五年前的事情.整个实验设计是一个器官的不同发育阶段.按照最传统的做法,不同阶段,两两间进行差异表达分析,于是会产生系列 ...

不知道买卖点是因为不懂形态分析,看图识别形态,看懂操作的买卖点,把握中线趋势变化. 技术分析是基于 1.历史会重复 2.市场价格会包含一切 3.价格有惯性趋势运动形态也分为突破形态和整理形态反转形 ...

火山图(Volcano Plot)常用于展示基因表达差异的分布,横坐标常为Fold change(倍数),越偏离中心差异倍数越大:纵坐标为P value(P值),值越大差异越显著.得名原因也许是因为结 ...

编译:微科盟伊一,编辑:微科盟景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读发光二极管已经广泛应用于工厂和农业设施.可以根据不同植物的光质量和强度要求设计不同的发光二极管,从而调节植物的生长发育以 ...

编译:微科盟伊一,编辑:微科盟景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读豇豆是豆科重要的蔬菜作物,因其豆荚嫩.口感好.营养丰富而被广泛种植.紫色豇豆豆荚吸引了更多的关注,主要是因为它醒目的颜色 ...

编译:微科盟伊安,编辑:微科盟景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读女性不孕的主要原因之一是窦状卵泡闭锁,其潜在的分子机制尚不清楚.因此,研究人员通过ELISA.RNA-Seq.qRT- ...

转录组差异表达分析和火山图可视化