Seurat4.0系列教程22：空间转录组的分析、可视化与整合 / 开普饭

Single-cell RNA sequencing of human kidney 人肾脏的单细胞测序一. 研究背景肾脏是在结构和功能高度复杂的器官,而其结构和功能的复杂性与其众多的细胞类型相关 ...

与传统的转录组测序相比,单细胞测序技术噪声很大,使得单细胞转录组数据包含大量的dropout事件(导致基因表达量为0或接近0),即使是一些标记(Marker)基因也有可能表达量很低.当在使用其对聚类的 ...

江山代有套路出大家好,我是晨曦,上次的推文给大家介绍了单细胞图谱类文章,相信大家不管是看过那篇推文,还是看了我们挑圈联靠其它单细胞的相关推文,对于单细胞,不管是从流程还是从分析方式上都应该不陌生了吧 ...

Single cell RNA-seq analysis workshop 1 Quality Control 大家好,我是晨曦,本次将开启一个全新的系列,依旧是单细胞,依旧是熟悉的晨曦解读,只不过这 ...

生信实操随着测序技术的进步开发了一种单细胞转录组测序(scRNA-seq)技术,单细胞转录组测序技术可以一次检测成千上万个细胞的转录水平,在单细胞水平上检测和定量基因表达水平变化,从而揭示bulk ...

导语今天和大家分享的是2020年1月份发表在SCIENTIFIC DATA杂志上的一篇文章(IF=5.929)"Single-cell RNA sequencing of human ki ...

学习单细胞转录组肯定先来一遍Seurat官网的标准流程. 数据来源于Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMC),共2700个单细胞, Illumina Next ...

时代的洪流奔涌而至,单细胞技术也从旧时王谢堂前燕,飞入寻常百姓家.雪崩的时候,没有一片雪花是无辜的,你我也从素不相识,到被一起卷入单细胞天地.R语言和Seurat已以势如破竹之势进入4.0时代,天问一 ...

在此,我们将合并两个 10X PBMC 数据集:一个包含 4K 细胞,一个包含 8K 细胞.数据集可以在这里[1]找到. 首先,我们在数据中读入并创建两个Seurat对象. library(Seura ...

scRNA-seq整合简介对两个或两个以上单细胞数据集的整合分析提出了独特的挑战.特别是,在标准工作流下,识别存在于多个数据集中的基因可能存在问题.Seurat v4 包括一组方法,以匹配(或&qu ...

此文演示了一些与 Seurat 对象交互的功能.为了演示,我们将使用在第一个教程中创建的 2,700 个 PBMC 对象.为了模拟我们有两个复制的情景,我们将随机分配每个集群中一半的细胞自" ...

Seurat 标准流程标准 Seurat 工作流采用原始的单细胞表达数据,旨在数据中查找clusters.此过程包括数据标准化和高变基因选择.数据归一化.高变基因的PCA.共享近邻图形的构建以及使用 ...

我们将使用之前从 2,700个 PBMC 教程中计算的 Seurat 对象在演示可视化技术.您可以从这里[1]下载此数据集 SeuratData::InstallData("pbmc3k& ...

此教程展示了如何通过基于传统细胞周期相关marker计算细胞周期得分,并在预处理过程中将这些分数从数据中回归,以消除 scRNA-seq 数据中细胞周期异质性的影响.我们在小鼠造血祖细胞数据集上证明了 ...

我们使用通过SeuratData[1]包提供的 2,700个 PBMC 来演示. 加载数据 library(Seurat) library(SeuratData) pbmc <- LoadDat ...

加载数据此教程演示了如何存储和与Seurat 中的降维信息进行交互.为了演示,我们将使用SeuratData[1]包提供的 2,700 个 PBMC 对象. library(Seurat) libr ...

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