教程 | 可视化多组基因差异表达分析结果 / 开普饭

写在前面前几天我们介绍了UCSC XENA的基本使用过程.今天我们就基于UCSC XENA来简单的设计一个简单的课题. 之前在介绍ICGC数据库使用的时候,我们可以通过ICGC数据库来进行整个基因组 ...

有小伙伴后台留言说想知道 GEPIA 数据库的用法,正好最近一段时间GEPIA2更新了,其中也更新了一些新的功能.所以就趁着这个机会给大家介绍一下GEPIA2吧. 有小伙伴后台留言说想知道 GEPIA ...

分分钟搞定6分单基因联合免疫浸润的预后套路生信文章小伙伴们大家好,我是菠小萝.今天为大家复现一篇2020年10月发表在<Front Oncol>(影响因子:4.848)上的单基因联合免 ...

不知道大家做生信分析的时候,有没有遇到做差异分析的时候没有得到一个差异基因的情况,反正笔者遇到过好几次,无论是GEO数据还是别人给的测序数据都遇到过没有差异基因,哪怕是使用最低的过滤标准都遇到过. 现 ...

对于高维度的数据分析而言,例如RNA-seq的数据.我们在得到数据想要解释不同分组之间的差异的基因.往往都需要逐渐的降维来进行解释.最普遍的方法通过差异分析-富集分析这样的也算是一种逐步降维的操作.这 ...

GEO2R是GEO在线分析工具,基于此工具可以对部分GEO样品数据进行基因差异表达分析.该工具主要针对芯片数据,借助R 及Limma包完成分析过程,用户只需要在网业上进行简单的点击等手动操作即可获得分 ...

于是,TBtools - RNAseq 全家桶到位! 写在前面很久很久以前,TBtools 解决了 RNAseq 数据分析中几个常见问题: 基因功能注释,NR,SWISSPROT,GO注释等基因集 ...

福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排扩增子16S分析.宏基因组.转录组的线上/线下同时开课.报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下课 .期待和 ...

编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读差异表达分析(DE)和基因富集分析(GSE)常用于单细胞转录组研究中.本研究中,作者开发了一种集成且可扩展的方法--iDEA,可通过分 ...

编译:寒江雪,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 芦笋(A.officinalis L.)是一种营养价值很高的蔬菜作物.本研究选择三个紫芦笋品种京紫2号,紫色激情和太平洋紫,一个绿色芦笋京 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 举例展示R语言组学关联分析的方法.宏基因组数据以KO-样品丰度表为例.代谢组数据以metabolite-样品丰度表为例.基 ...

近日,福建农林大学资源与环境学院周顺桂教授研究团队和广东省科学院生态环境与土壤研究所余震副研究员研究团队联合研究的成果刊登在国际顶尖期刊Journal of Hazardous Materials上, ...

福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排扩增子16S分析.宏基因组.转录组的线上/线下同时开课.报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下课 .期待和 ...

利用R包DEseq2进行差异表达分析和可视化 count数矩阵差异分析 1. 安装并载入R包 2. count数矩阵导入并对矩阵进行数据处理 3. 查看样本相关性并采用热图展示 4. hclust对 ...

Seurat4.0系列教程告一段落,但这决不是终点.这个系列教程只是给大家打开一扇窗,知道Seurat4.0有这些功能可用,少走弯路,起到一个抛砖引玉的作用,后续还要自己深入研究.不要像我当初入门单细 ...

教程 | 可视化 多组 基因差异表达分析 结果