手把手教你用R语言下载TCGA数据：UCSCXenaTools

作者:白介素2UCSC xena数据存储中心总览UCSC xena的数据存储仓库主要包括的数据有以下这些:TCGA hubPan-Cancer Atlas HubICGC hubUCSC Toil ...

前两天我们介绍了一下刚刚发表的泛癌的全基因组在线数据工具汇总的文章.同时也介绍了一下关于ICGC的使用,在那个文章里面提到了五个在线分析PCAWG的工具,今天就来介绍另外一个:UCSC XENA. 1 ...

gtf文件大家都了解,基因或者外显子的坐标相对独立,但是转录本很不一样,同一个基因的不同转录本共用外显子,这样的话它们的坐标其实很多都是overlap的,这样,我们的二代测序的100bp或者150bp ...

下面是2021第一期生信入门微信群答疑精选200题有免疫相关基因集下载的地方吗?还是有专门的包解决这个问题搜索我们生信技能树公众号历史教程,请看:免疫相关基因数量到底是多少个老师,课前安装的软件 ...

如果你不懂代码,不懂网站规则,那么最简单的就是直接使用UCSC xena 浏览器啦!!!网站:https://xenabrowser.net/datapages/ 理论上也可以完成大部分数据探索的,甚 ...

解螺旋公众号·陪伴你科研的第2590天无代码生信复现大家好,我是Jerry,今天我给大家分享一篇最新的单基因泛癌生信文章,该文章是发表于Frontiers in Immunology杂志上,最新影 ...

学TCGA数据库并不是为了发"套路"文章,那些基本上是本科生毕业设计的水准,但是阅读这样的文章的确可以很大程度上帮助大家认识TCGA数据库,主要是了解它可以做什么,比如我昨天在生信 ...

写在前面前几天我们介绍了UCSC XENA的基本使用过程.今天我们就基于UCSC XENA来简单的设计一个简单的课题. 之前在介绍ICGC数据库使用的时候,我们可以通过ICGC数据库来进行整个基因组 ...

导语 DNA甲基化是当前研究最多的表观遗传修饰,对于促进胚胎发育,基因组印记和X染色体失活等重要生物过程至关重要.在甲基化研究的技术手段中,HM450K芯片在癌症甲基化组数据集中占主导地位.TCGA数 ...

交互效应分析在SCI中是一个重要的组成,可以表示特殊的人群(也就是亚组)中自变量和因变量的结果关系,可以说是高分SCI必做的项目,在SCI中,这一部分结果很多都是以森林图来展示,这样结果又直观有方便分 ...

Meta分析是循证医学中非常重要的工具,如果配上一个好的科学问题,它可以整合当前已有的证据,以量化的方式给出相对公正的结论,临床价值也可以非常巨大! 那如何使用R做Meta分析? 是不是觉得无从下手? ...

手把手教你用R语言做PCA主成分分析,不存在学不会作者简介本文作者Trigo Hoang,作者目前在香港攻读博士学位,硕士期间发表了多篇生信相关的SCI,累计影响因子35+,公众号简书会记录作者学 ...

现在TCGA数据下载的代码满天飞,例如以使用TCGAbiolinks下载为例: if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRU ...

目前缺失数据的处理方法大致分为三类:删除法.填补法和不处理.多数统计软件进行缺失数据分析时,默认采用列表删除法.这种简单粗暴的方法在少数变量值缺失时影响不大,但涉及到大范围变量值缺失,实在是伤敌100 ...

今天给大家分享两个用来挖掘PubMed的R包,有了现成的工具,省去了不少自己写爬虫的功夫,可以实现:快速分析研究方向的发文趋势,通过关键词找到合适自己的投稿期刊,看看自己领域内的大牛人物:这么多好玩的 ...

半年前我就系统性的介绍过:TCGA的pan-caner资料大全(以后挖掘TCGA数据库就用它) 还专门指出了癌症的somatic突变的maf文件问题:TCGA数据库maf突变资料官方大全但是最近收到 ...

插图是SCI论文中必不可少的一部分.一张精美的插图,不仅能够直观的反映出文章的主要结果,而且能够牢牢的抓住期刊编辑和审稿人的眼球.既然插图那么重要,那如何才能绘制出令人赏心悦目的图呢? 解螺旋给大家带 ...

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