【直播】我的基因组82：如何对maf格式的突变文件统计vaf / 开普饭

生物空间站 17篇原创内容公众号名词解释和基本问题:关联分析:就是AS的中文,全称是GWAS.应用基因组中数以百万计的单核苷酸多态:SNP为分子遗传标记,进行全基因组水平上的对照分析或相关性分析,通过 ...

VAF的概念和计算方法 VAF的全称是Variant Allele Frequency(变异等位基因频率)或Variant Allele Fraction(变异等位基因分数).简单来说就是在基因组某个 ...

这两天"王院长"帮别人分析snv数据,顺便给我推荐了一个R包:maftools.我看了一下官网,感觉是个非常强大的R包.那必须要学习起来~实际上网上已经有很多教程了,但都是用maf ...

近年来,视频目标跟踪取得了飞速的发展,然而当前性能最优越的跟踪模型的计算量和参数量都过于巨大,以至于无法在真实应用中部署. 在这次分享中,我们邀请到了大连理工大学信通学院IIAU-LAB研究生严彬,介 ...

根据前面的讲解我们也对NGS数据分析基本的数据格式和数据流有了一个基本的理解了,不管是fasta.fastq.sam.bam.vcf.gtf 以及 biom 等格式都是具有相对标准的数据组织形式的,含 ...

在此之前,我不止一次强调过QC的重要性,对全基因组测序等以找variation为主的分析流程来说,不仅仅是对测序数据的QC,还有比对之后的sam/bam文件也需要QC,最后找出的variation文件 ...

吓死我了! 前面我们讲到了可以把突变文件注释到dbsnp数据库,而dbsnp数据库信息非常丰富,比如我们可以看 ##INFO=<ID=SAO,Number=1,Type=Integer,Desc ...

全基因组分析后的vcf突变文件记录了四百多万个位点,前面我们讲到了如何把它们注释到dbSNP数据库ID,一般来说有注释的位点也就顺便注释到了基因,所以可以简单写一个程序来看看哪些基因的突变位点最多: ...

前面我们说到了那些简单的由单个基因决定的性状,这东西不需要预测,其中的生物学机制已经研究的非常透彻,只要拿到你的基因信息,很容易推断你的性状,比如人的乙醇脱氢酶和乙醛脱氢酶等多种乙醇代谢基因,你本身是 ...

这一讲中,我们对VCF中的"VAF"简单的来看一起,如果你对VCF文件还不了解的话,那你就要自我批评一下了.在基因组直播刚开始的时候,我还专门对VCF文件进行了简述.[直播]我的基 ...

最近的全国巡讲不少人问到我两年前的直播基因组系列教程的完整目录,这里先放出直播我的基因组(第一阶段)完整目录.(悄悄告诉你,后台回复直播可以拿到精排版EXCEL表格!)(然后,点击阅读原文也可以拿到可 ...

这是2021年公益直播的第三场.前两次分别是"初学者如何学习统计学"."如何计算样本量". 现在医学研究人员的数据分析和医学统计报告的水平越来越高,很多SCI ...

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