【直播】我的基因组81：看看我的vcf文件的vaf分布情况 / 开普饭

系列文章: 二代测序方法:DNA测序之靶向重测序 NGS数据分析实践:00. 变异识别的基本流程 NGS数据分析实践:01. Conda环境配置及软件安装 NGS数据分析实践:02. 参考基因组及注释 ...

VAF的概念和计算方法 VAF的全称是Variant Allele Frequency(变异等位基因频率)或Variant Allele Fraction(变异等位基因分数).简单来说就是在基因组某个 ...

根据前面的讲解我们也对NGS数据分析基本的数据格式和数据流有了一个基本的理解了,不管是fasta.fastq.sam.bam.vcf.gtf 以及 biom 等格式都是具有相对标准的数据组织形式的,含 ...

vcf文件标记dbSNP的rsID号的这个问题非常多的人问过,大部分的variation calling软件给出的vcf文件里面第3列都是一个纯粹的dot占位符,如下: 但是,我们往往想知道,这个染色 ...

首先要下载并且得到人类基因组的外显子坐标记录文件这里我用的参考基因组版本仍然是hg19,所以去CCDS数据库里面下载对应版本,并且格式化成BED文件. wget ftp://ftp.ncbi.nl ...

这个软件比较重要,尤其是对做遗传变异相关研究的,很多人做完了snp-calling后喜欢用ANNOVAR来进行注释,但是那个注释还是相对比较简单,只能得到该突变位点在基因的哪个区域,哪个基因这样的信息 ...

无论是海洋零浮标,还是海底万米礁,都是大国之间暗中较劲的地方.比如最直接的需求,就是测量"盐度.温度和水深",这类被称之为CTD温盐深的测量仪,它所需要的温度.电导率和压力三大传感 ...

作为20世纪艺术界最有想法的波普艺术先锋领袖,安迪·沃霍尔曾说过一句非常有名的话,"在明天,每个人都能成名15分钟."这句话,提前预言了我们当下所处的时代--人人都可发声且成名,却 ...

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