NGS数据分析实践：03. 涉及的常用数据格式[5]

这一讲中,我们对VCF中的"VAF"简单的来看一起,如果你对VCF文件还不了解的话,那你就要自我批评一下了.在基因组直播刚开始的时候,我还专门对VCF文件进行了简述.[直播]我的基 ...

有粉丝邮件求助,给了我两个vcf文件,旧的vcf文件走的是标准的bwa+gatk流程,参考基因组是hg19,新的文件参考基因组是hg38,也是gatk标准流程.想有比较它们,首先得保证两个vcf文件的 ...

生物空间站 17篇原创内容公众号名词解释和基本问题:关联分析:就是AS的中文,全称是GWAS.应用基因组中数以百万计的单核苷酸多态:SNP为分子遗传标记,进行全基因组水平上的对照分析或相关性分析,通过 ...

根据前面的讲解我们也对NGS数据分析基本的数据格式和数据流有了一个基本的理解了,不管是fasta.fastq.sam.bam.vcf.gtf 以及 biom 等格式都是具有相对标准的数据组织形式的,含 ...

Power BI数据分析03:趋势分析法文/海艳上市IT公司经营计划专业经理,专注消费电子领域经营分析以财务报表分析为例,介绍通用的分析方法论,整体架构如下图所示: (点击查看大图) 我会围绕这 ...

变异识别过程可以分成3大块:1. 原始数据质控:2. 数据预处理:3. 变异识别.大致可以细分为6个部分:(1) 原始测序数据的质控:(2) read比对,排序和标记PCR重复序列:(3) Indel ...

NGS数据分析实践:02. 参考基因组及注释库的下载 - 目录 1. 参考基因组数据 2. 已知的SNP和Indel变异数据 3. annovar注释所需数据库的下载 4. 其他数据库系列文章: 二 ...

NGS数据分析实践:05. 测序数据的基本质控 [1] - FastQC 目录前言 1. FastQC 1.1 帮助信息及运行代码 1.2 报告解读 1.3 小结文接上篇:NGS数据分析实践:04 ...

NGS数据分析实践:05. 测序数据的基本质控 [2] - MultiQC 目录 2. MultiQC 2.1 帮助信息及运行代码 2.2 报告解读 2.3 小结文接上篇:NGS数据分析实践:05. ...

NGS数据分析实践:06. 数据预处理 - 序列比对+PCR重复标记+Indel区域重比对+碱基质量重校正目录 1. 序列比对 1.1 参考基因组建索引 1.2 序列比对 2. 排序 3. PCR重 ...

翻译: 大邓作者: Bex T 标题: Weekly Awesome Tricks And Best Practices From Kaggle 链接: https://towardsdev.com ...

本文为星球嘉宾"海艳"的PowerBI数据分析工作实践系列分享之一,她深入浅出的介绍了PowerBI在数据分析中的应用,从各项指标的计算,到可视化展现,利用PowerBI发现问题分 ...

NGS数据分析实践：03. 涉及的常用数据格式[5] - vcf格式