NGS数据分析实践：00. 变异识别的基本流程 / 开普饭

找变异流程找变异简单点说,就是把高通量测序得到的成千上万条序列片段比对到合适的参考基因组,找到那些成功比对的片段与参考基因组的微小差异情况. 那么就涉及到存储测序数据的fastq数据格式,比对的工具 ...

本文介绍临床Gene Panel检测的「实验流程」及「生物信息学分析流程」(下图为MSK-IMPACT 468基因panel的检测流程,各产品流程也大同小异,本文参考此流程). 个人能力有限,欢迎指出 ...

基因数据的存储和计算作为一个新兴产业,已经逐渐在基因领域崭露头角.从长远来看,随着基因数据规模越来越大,行业对数据分析和存储的需求也会越来越多. 基因检测技术的应用加深,让数据的解读和利用的基础设施, ...

二代测序基础知识二代测序基础概念 (这个是与二代测序相关每个部门都要掌握的) FQ数据格式高通量测序(如Illumina HiSeqTM/MiseqTM)得到的原始图像数据文件经CASAVA碱基识 ...

Jimmy博客里面有详细讲读原文查解去除PCR duplication的reads的原理和方法,还比较了samtools和picard这两个软件的区别,请点击阅看(仔细探究samtools的rmdup ...

近日,MGI与Sentieon合作正式推出高通量测序数据分析一体机Zieon.双方团队详细讨论并测试了华大智造MegaBOLT和Sentieon软件模块的性能,采用合适的模块组合推出了Zieon数据分 ...

NGS数据分析实践:02. 参考基因组及注释库的下载 - 目录 1. 参考基因组数据 2. 已知的SNP和Indel变异数据 3. annovar注释所需数据库的下载 4. 其他数据库系列文章: 二 ...

系列文章: 二代测序方法:DNA测序之靶向重测序 NGS数据分析实践:00. 变异识别的基本流程 NGS数据分析实践:01. Conda环境配置及软件安装 NGS数据分析实践:02. 参考基因组及注释 ...

NGS数据分析实践:05. 测序数据的基本质控 [1] - FastQC 目录前言 1. FastQC 1.1 帮助信息及运行代码 1.2 报告解读 1.3 小结文接上篇:NGS数据分析实践:04 ...

NGS数据分析实践:05. 测序数据的基本质控 [2] - MultiQC 目录 2. MultiQC 2.1 帮助信息及运行代码 2.2 报告解读 2.3 小结文接上篇:NGS数据分析实践:05. ...

NGS数据分析实践:06. 数据预处理 - 序列比对+PCR重复标记+Indel区域重比对+碱基质量重校正目录 1. 序列比对 1.1 参考基因组建索引 1.2 序列比对 2. 排序 3. PCR重 ...

翻译: 大邓作者: Bex T 标题: Weekly Awesome Tricks And Best Practices From Kaggle 链接: https://towardsdev.com ...

本文为星球嘉宾"海艳"的PowerBI数据分析工作实践系列分享之一,她深入浅出的介绍了PowerBI在数据分析中的应用,从各项指标的计算,到可视化展现,利用PowerBI发现问题分 ...

本文为星球嘉宾"海艳"的PowerBI数据分析工作实践系列分享之二,她深入浅出的介绍了PowerBI在数据分析中的应用,利用PowerBI发现问题分析问题,欢迎学习借鉴. 她的上一 ...

NGS数据分析实践：00. 变异识别的基本流程