R绘图笔记 | 多数据系列的箱型图与带抖动散点的多数据系列箱型图
关于绘图，前面介绍了一些：
这里介绍小提琴图会漂亮的云雨图绘制，小提琴图在生信文章中很常见，云雨图我在文章中很少见到，但真的很漂亮，发表文章可以试试。
一.读入数据
如果你想获取该数据用于自己练习，下面是获取数据的地址：
https://docs.qq.com/sheet/DV3lUY3NodG5TdWFz
数据格式是这样的。
数据第A列是病人ID，B列样本信息（Trmor/Normal），其他列是病人的标准化后的基因表达数据。
你可以保存副本导出，然后自己读入。
library(ggplot2)library(grid)library(RColorBrewer)library(tidyr)data <- read.csv("BioInfoNotesData2.csv",row.names = 1)取几个基因看看在正常和肿瘤组织中的表达情况。
f3.data <- data[,1:5]colnames(f3.data) <- c("Sample","geneA","geneB","geneC","geneD")head(f3.data)数据整理
f3.data <- gather(f3.data,gene,value,geneA,geneB,geneC,geneD)head(f3.data)二.绘图
如果用我提供的数据，你选择的基因列不一样，和我的结果就不一样。
1.多数据系列的箱型图
ggplot(f3.data, aes(x = gene, y = value))+ geom_boxplot(outlier.size = 1, aes(fill=factor(Sample)), position = position_dodge(0.8),size=0.5) + guides(fill=guide_legend(title="Sample"))+ theme_minimal()+ theme(axis.title=element_text(size=13,face="plain",color="black"), axis.text = element_text(size=11,face="plain",color="black"), panel.background=element_rect(colour="black",fill=NA), panel.grid.minor=element_blank(), legend.position="right", legend.background=element_rect(colour=NA,fill=NA), axis.ticks=element_line(colour="black"))2.带抖动散点的多数据系列箱型图
先处理一下数据
f4.data<-transform(f3.data,dist_cat_n=as.numeric(as.factor(gene)), scat_adj=ifelse(Sample == "Tumor",0.2,-0.2))
head(f4.data)ggplot(f4.data, aes(x =gene, y = value))+ geom_boxplot(outlier.size = 0, aes(fill=factor(Sample)), position = position_dodge(0.8),size=0.4) + geom_jitter(aes(scat_adj+dist_cat_n, value,fill = factor(Sample)), position=position_jitter(width=0.1,height=0), alpha=1, shape=21, size = 0.5)+ guides(fill=guide_legend(title="Sample"))+ theme_minimal()+ theme(axis.title=element_text(size=13,face="plain",color="black"), axis.text = element_text(size=11,face="plain",color="black"), panel.background=element_rect(colour="black",fill=NA), panel.grid.minor=element_blank(), legend.position="right", legend.background=element_rect(colour=NA,fill=NA), axis.ticks=element_line(colour="black"))参考资料：
R语言数据可视化之美，张杰/著
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