单细胞RT-PCR表达量数据也可以差异分析 / 开普饭

中国最早的医学典籍<黄帝内经>早在两千多年前就指出:圣人不治已病治未病.不过,早期发现癌症的主要障碍之一是我们对肿瘤启动事件了解不足.历来,癌症研究一直集中于已发生肿瘤的组织学和分子学特征 ...

研究背景先天淋巴细胞(ILCs)是一种免疫细胞,它通过释放可溶性的因素调节对病毒.细菌和寄生虫的早期免疫反应.这些细胞可以根据细胞表面的转录因子及细胞因子被分为三个亚型,每种亚型都有不同的功能. 方 ...

导语今天跟大家分享的是2020年1月发表在Peer J 杂志(IF=2.379)上的一篇文章:"Identification of key biomarkers and immune in ...

首先,给大家看一张图,如下: 有很多人会问,这样图是怎样做的?下面,我们来告诉你第一步,下载GDS3592和GDS1381数据集第二步,分别对两个数据集做差异表达分析第三步,将保存好的差异表达文 ...

RNA-seq数据毫无疑问是目前NGS领域被使用最频繁的了,但是大部分科研人员对它的理解,还停留在表达量层面,尤其是基于基因的表达量,无非就是分组,然后走差异分析这样的统计学检验,绘制火山图和差异基因 ...

前言前面我们提到了:CNS图表复现10-表达矩阵是如何得到的,有粉丝提问,既然都开始走RNA-seq数据的上游分析了,到Linux服务器操作了,难道仅仅是为了拿到表达矩阵文件吗?RNA-seq数据分 ...

传统的bulk转录组测序并没有没落,虽然说大家都在抢单细胞的热点! 单细胞技术基本上变革了生命科学领域的ngs研究,以前我们可以针对大队列癌症病人做多组学数据,其中佼佼者就是TCGA计划,然后各个组学 ...

前面我们演示了:泛癌分析时候的大样本量多分组建议选择tSNE而不是PCA,整合全部的33种癌症的仅仅是蛋白质编码基因的表达量矩阵,进行降维聚类分群可以看到并不是严格的各个癌症泾渭分明. 其中很明显乳腺 ...

一般来说单细胞表达量矩阵都是以基因为单位,我们可以很容易走常规的降维聚类分群并且合理的进行生物学命名,比如我们对官方 pbmc3k 例子,跑标准代码: library(Seurat) # https: ...

最近微信群有小伙伴咨询表达量和拷贝数两个层面数据如何整合,正好分享一个2017年发表在plos one杂志的文章,标题是:<Integrated Analysis of Genome-Wide ...

编译:微科盟逍遥君,编辑:微科盟景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读靶向CD19的免疫治疗在临床上对B细胞恶性肿瘤的治疗是有效的,但也会引起高发生率的神经毒性.一组接受嵌合抗原受体(CA ...

为了分析不同类型.组织起源肿瘤的共性.差异以及新课题.TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划.参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov ...

2019-07-27 17:00 近年来,鸡肉产量.销量呈快速上升趋势.根据美国农业部统计数据,世界鸡肉生产量保持稳定增长,从2006年的6,544.40万吨,增长到2018年的9,247.00万吨, ...

单细胞RT-PCR表达量数据也可以差异分析