RNA-seq数据不仅仅是表达量 / 开普饭

一个文章套路的小故事 TCGA原始的数据库只有表达组学.甲基化.临床信息这些数据,所以大家在挖掘数据,最基本的就是在这几个组学里面来回的交叉融合.如果一个癌种别人交叉分析了,那其实基于基础的思路很难再 ...

HBV是目前已知的感染人的最小DNA病毒,其基因组大小约为3.2 kb,包含4个高度重叠的开放阅读框(ORFs).除了这些经典的ORFs外,越来越多的证据表明,HBV还通过可变剪切形成了许多额外的OR ...

编译:微科盟 Nicole,编辑:微科盟景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读拟南芥的昼夜节律控制着许多生理和分子过程,使植物能够预测其环境的每日变化.然而,mRNA水平变化如何与共转录/转 ...

大家可以收藏一下. 数据库介绍 RNA-Seq Atlas - 通过下一代测序在正常组织中进行基因表达谱分析的参考数据库 RNA-Seq Atlas是一个基于网络的RNA-Seq基因表达谱和查询工具库 ...

本文介绍「mRNA生信分析流程」 ❞ mRNA生信分析速览 mRNA生信分析主要包含以下各部分. mRNA分析详细步骤数据质控及过滤 FastQC数据质控关注测序数据的碱基质量.GC比等,见上图红 ...

关于可变剪切,简单而言就是,一个基因从DNA-mRNA的过程当中,由于剪切位点的不同,会形成不同的mRNA剪切变异体.对于可变剪切模式,之前的介绍TCGA SpliceSeq数据库的时候提到了数据库当 ...

森严森语:生活中很多时候我都习惯于不知所以而为之,其结果通常坏.原因在于经常的盲目自信和偶尔不愿承认自己的无知.上篇推文介绍了利用Origin绘制热图的方法,推文一经发出,我就察觉到这是极其草率的.原 ...

RNA测序(RNA-seq)在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具.RNA-seq帮助大家对RNA生物学的理解会越来越全面:从转录本在何时何地转录到RNA ...

前言前面我们提到了:CNS图表复现10-表达矩阵是如何得到的,有粉丝提问,既然都开始走RNA-seq数据的上游分析了,到Linux服务器操作了,难道仅仅是为了拿到表达矩阵文件吗?RNA-seq数据分 ...

最近搜集整理单细胞研究的时候,看到于2015年发表在nature杂志的文章是:Single-cell analysis reveals a stem-cell program in human met ...

最近微信群有小伙伴咨询表达量和拷贝数两个层面数据如何整合,正好分享一个2017年发表在plos one杂志的文章,标题是:<Integrated Analysis of Genome-Wide ...

这张场地分析是我们小组在MArch Urban Design, UCL时期的作品,国外的设计专业都非常注重前期调研和数据.信息整理,这一点跟国内注重结果的习惯很不一样,所以大家在准备出国作品集的时候, ...

编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读目的:系统红斑狼疮是(SLE)是一种异质性自身免疫性疾病,治疗困难.目前SLE患者没有最佳分类.因此,患者对于现有治疗反映是不可预测的 ...

为了分析不同类型.组织起源肿瘤的共性.差异以及新课题.TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划.参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov ...

m长期更新列表: 使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据(cBioPortal)TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据 (离线打包版本)TCGA的28篇教程- 使用R语言的 ...

不一定是转录水平的表达量. 看到一篇文章提到了这个DESI-MSI分析,可以说目前主流的研究都会引入表达芯片或者mRNA-seq测序来看敲减目标基因或者过表达基因后的效果,但是该文章探索的主要是蛋白质 ...

这个需求实在是太常见了,很多时候我们下载的表达矩阵,都是基因的探针ID作为行名来标记,如下: 这个变量是 dat,一个表达矩阵, 所以需要对探针进行注释,并且筛选. 首先看看注释的结果: 很明显可以看 ...

RNA-seq数据不仅仅是表达量