TBtools | 地球最友好的 GFF3/GTF 序列提取工具 / 开普饭

GFF(gff)全称为:general feature format GTF(gtf)全称为:gene transfer format 前者用来注释基因组,后者用来注释基因. 异同点: GTF文件和G ...

咱们<生信技能树>的B站有一个lncRNA数据分析实战,缺乏配套笔记,所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享,以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程! 下面是100个l ...

featureCounts我们粉丝都耳熟能详了,我们转录组流程介绍的对比对后的bam文件基于基因注释文件定量的首选软件,用法非常简单,关键是速度飞快,吊打htseq-counts几条街,而用DEXSe ...

gffread gffread: used to generate a FASTA file with the DNA sequences for all transcripts in a GFF f ...

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对于二代测序的数据的处理的问题,虽然我们还是建议专业的事情.但是至少还是要了解一下基本的原理和测序当中产生的各种文件格式.由于是测序数据,其基本的原理还是基于核酸序列来进行操作的.在结果文件当中就包括 ...

写在前面 Emm....最近确实是忙到晕头转向,所以一直没有继续写.今晚似乎还有大半个小时的时间,便尝试写写.这篇推文应是 <-零命令行-生信下游数据分析>的第五贴,主题定为基于gff3/ ...

写在前面大概一年前就有不少朋友提到想了解相关功能的操作.尽管在公众号上已推送过几乎每一个功能的推送,但文字吸收效率可能确实不如视频讲演.一年前挖的坑,现在终于可以填了.直接原因还是最近数据分析时优化 ...

写在前面 <-零命令行-生信下游数据分析>的第一帖主题,定为序列提取.因为序列提取,可以说是目前最常见的生信下游数据分析需求,其主要见于场景: 1.物种基因组已公布,但没有对应的数据库,而 ...

写在前面这两天有看到几个用户朋友在生信札记讨论群中讨论了基因结构图的绘制.看到其他用户一直推荐 GSDS,我便也没有作声,毕竟 GSDS 确实是很优秀的网页软件.而现实情况是,近期 GSDS 网站无 ...

写在前面目前基因组测序和组装成本几乎已经到任何一个课题组都可以单独负担的价码,大量物种的基因组序列被测定和释放.与此同时,对应的基因结构注释信息文件,如GTF或GFF3文件等,也可公开下载. 对于绝 ...

引子目前NCBI上的数据已经超过的14个P,公开的测序数据也已近到达5个P,而且目前随着二代测序成本的继续下降,测序数据将在很长一段时间内持续井喷.面对如此大量的数据包含大量的与作物相关土壤相关的数 ...

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