技术贴 | 物种内部基因的共线性分析
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今天我们学习物种内部的基因共线性分析，基因的共线性分析在基因家族类分析中很常见，通常基因家族主要通过串联重复、片段复制、反转录转座、全基因组复制或多倍化等形式形成。借助强大的TBtool软件，我们来分析物种内的基因是否存在串联重复现象或者片段复制现象。
物种内部基因的共线性分析
需要准备的文件：protein.fa；gff；
1. 物种内部protein.fa进行比对，生成Tab文件。
我们要做物种内部的比对，所以Query和Subject序列都是本物种的蛋白序列。设置输出文件的路径，拟定输出文件的名称，Tab格式。设置完毕后点击Start，呈现Running状态，等待Tab文件的生成。
2. 处理基因组的gff文件。
处理基因组的gff文件,同样需要设置输出文件的路径，拟定输出文件的名称。点击Start。
3. 使用MCScanX进行共线性分析。
分别导入刚才生成的Tab文件和sim.gff文件，设置输出路径（不需要设置文件名称）。点击Start，即可生成6个文件，其中tandem文件用于串联重复基因的可视化，collinearity文件用于片段复制基因的可视化。
4. 处理结果文件。
（1）结果生成的tandem文件是由逗号分隔的基因对，对其简单处理，从逗号分开基因对，将一列分成两列：使用Excel打开tandem文件——选中这一列——点击数据——分列——分隔符号——下一步——选择逗号（如图）——完成，即可将逗号分隔的基因对分成两列，然后保存txt文本格式即可。
（2）结果生成的collinearity文件，需要处理成link格式（如下图）。
5. 结果可视化。
（1）串联重复基因的可视化：输入原始gff文件、分两列的tandem文件，以及自己关注的基因ID，点击start即可将串联重复基因可视化（由括弧线连接）。
（2）片段复制基因的可视化：与tandem的可视化操作一致，将分两列的tandem文件更换为collinearity.links文件即可。点击start即可将片段重复基因可视化（由直线连接）。
6. 结果生成后可自行调整图片，保存pdf格式，便于后续编辑图片。
7. 利用修图软件可适当调整图片，加上漂亮的颜色，即可呈现出自己的结果。
最后，祝大家科研顺利！
感谢阅读！