了解scRNAseq包内置的单细胞转录组数据 / 开普饭

编译:罗睺,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读单细胞转录组分析使在发育.健康和疾病期间对组织中的细胞群进行高分辨率分析成为可能.最近的研究创新性地利用单细胞RNA测序(scRNAs ...

编译:刘娟,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读肝脏疾病是一个主要的全球性卫生保健问题,影响着全世界约8.44亿人.其治疗选择仍然有限,部分原因是缺乏详细的技术来确定驱动人类这些疾病 ...

一.单细胞single cell RNA-seq简介 1.Bulk RNA-seq(大量RNA-seq) Measures the average expression level for each ...

人人都可以学会生存分析(学徒数据挖掘) 学徒数据挖掘之谁说生存分析一定要按照表达量中位值或者平均值分组呢? 基因表达量高低分组的cox和连续变量cox回归计算的HR值差异太大? 学徒作业-两个基因突变 ...

多个样本单细胞转录组数据整合算法以 mutual nearest neighbors (MNNs)和canonical correlation analysis (CCA) 最为出名,见详细介绍多个 ...

scCancer包是2020年清华大学Jin Gu团队开发的一个专门用于分析肿瘤单细胞转录组的工具包.它集成了单细胞数据分析的基本流程(Seurat),增添若干适合肿瘤数据特征的进阶分析:并且操作简 ...

编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读差异表达分析(DE)和基因富集分析(GSE)常用于单细胞转录组研究中.本研究中,作者开发了一种集成且可扩展的方法--iDEA,可通过分 ...

了解我的应该都知道我最近几个月都在奋战一个陌生的领域,单细胞转录组数据处理.真的很有挑战性,笔记累积了一大堆了,但是没有太值得分享的,大多是利用bulk转录组数据处理的经验而已,但是下面这个是单细胞转 ...

背景介绍聚类之前必须要对表达矩阵进行normalization,而且要去除一些批次效应等外部因素.通过对表达矩阵的聚类,可以把细胞群体分成不同的状态,解释为什么会有不同的群体.不过从计算的角度来说, ...

使用CPM去除文库大小影响之所以需要normalization,就是因为测序的各个细胞样品的总量不一样,所以测序数据量不一样,就是文库大小不同,这个因素是肯定需要去除.最简单的就是counts pe ...

背景介绍如果是bulk RNA-seq,那么现在最流行的就是DESeq2 和 edgeR啦,而且有很多经过了RT-qPCR 验证过的真实测序数据可以来评价不同的差异基因算法的表现. 对单细胞测序数据 ...

挑选到的跟feature相关的基因集,有点类似于在某些组间差异表达的基因集,都需要后续功能注释. 背景介绍单细胞转录组测序的确可以一次性对所有细胞都检测到上千个基因的表达,但是,大多数情况下,只有其 ...

了解scRNAseq包内置的单细胞转录组数据