使用scran包的MNN算法来去除多个单细胞转录组数据批次效应 / 开普饭

大家好,我是风.欢迎来到风风的从零开始单细胞系列.前面我们已经学习了数据下载.构建分析对象和数据质控.如果你的scater出现了一些警告内容,提示函数被替代,那也不用着急.正如其他内容一样,scate ...

首先需要下载并且安装这个包: source("https://bioconductor.org/biocLite.R") options(BioC_mirror="htt ...

多次在CNS文章里面看到:Gene sets reflecting five phases of the HeLa cell cycle (G1/S, S, G2/M, M and M/G1) wer ...

你愿意吃有农残的果蔬吗? 浸泡了"环保酵素"的蔬菜还有农药残留吗? [环保酵素去除农残检验报告]检验数据令人振奋! 向大家报告一个好消息: 2016年11月8日上午, 大智酵友跟随 ...

hapmap计划的人群分布结果和千人基因组计划的分布结果来分析是一样的![直播]我的基因组55:简单的PCA分析千人基因组的人群分布这两个计划里面收集的样本的种群信息都比较完善,而且每个样本的基因型 ...

scater 这个R包很强大,是McCarthy et al. 2017 发表的,包含的功能有: Automated computation of QC metrics Transcript quan ...

牛津大学的Rahul Satija等开发的Seurat,最早公布在Nature biotechnology, 2015,文章是: Spatial reconstruction of single-ce ...

主要是针对单细胞转录组测序数据开发的,用来找不同细胞类型或者不同细胞状态的差异表达基因.分析起始是表达矩阵,作者推荐用比较老旧的Tophat+Cufflinks流程,或者RSEM, eXpress,S ...

对象应该是很重要的,至少是在R语言里面 ExpressionSet Bioconductor的ExpressionSet是基石,多次讲解过,GEO数据库在R里面下载的就是这个对象. 通常不需要自己从头 ...

单细胞水平的研究是仅次于NGS的一次生物信息学领域的革命,同样的随随便便发CNS的黄金时期也过去了,现在想发高分文章,拿多个病人的多个样本进行单细胞转录组测序是非常正常的,比如下面的: 发表在 Nat ...

使用scran包的MNN算法来去除多个单细胞转录组数据批次效应