【直播】我的基因组58：用R包SNPRelate来对我的基因型跟hapmap计划数据比较 / 开普饭

基因分型(Genotyping)又称为基因型分析(Genotypic assay),是利用生物学检测方法测定个体基因型(Genotype)的技术,使用技术包括聚合酶链反应(PCR).基因测序.DNA片 ...

相关系列第一期请戳:stacks拆包RAD-seq过程中 process_radtags没有自己需要的限制性内切酶怎么办? 在stacks运行完毕后,会有*.alleles.tsv.gz, *.snp ...

系列文章: 二代测序方法:DNA测序之靶向重测序 NGS数据分析实践:00. 变异识别的基本流程 NGS数据分析实践:01. Conda环境配置及软件安装 NGS数据分析实践:02. 参考基因组及注释 ...

生物空间站 17篇原创内容公众号名词解释和基本问题:关联分析:就是AS的中文,全称是GWAS.应用基因组中数以百万计的单核苷酸多态:SNP为分子遗传标记,进行全基因组水平上的对照分析或相关性分析,通过 ...

很久以前我们介绍过Sushi这个R包可以绘制基因组区域reads覆盖情况,这次我们介绍另外一个功能更强大的R包 Gviz: 全称:Plotting data and annotation inform ...

转自oodxix:https://www.jianshu.com/p/90ddc0da1954 背景介绍随着癌症基因组学的进步,突变注释格式(MAF)被广泛接受并用于存储检测到的体细胞变体. 癌症基 ...

animalcules-交互式微生物组分析和可视化的R包 animalcules: interactive microbiome analytics and visualization in R Mi ...

R包是我们生息分析中不可缺少的工具,在学习和使用过程中,我们常会遇到:无法找到解决实际需要的函数,或希望有汇总的网站可以找到相关包的具体说明.搜索R包的途径有很多,例如分别通过RCRAN mirror ...

2017-03-21 17:45 之前我们分享过R语言绘制热图(),用的是pheatmap包.其实画热图还可以用heatmap函数.ggplot2包.gplot包.lattice包来画,惊呆了吧~~ ...

学习R的时候,我们都会用到R到自带数据集,或者第三方R包内含的数据集,比如iris鸢尾花数据. 有数据集,比如上面这个iris数据,但是我们不了解该数据集具体背景的话,就难以理解它的分析目的,统计分析 ...

写在前面这个包最优雅的地方在于交互式,所以学习的主要目的也就是交互式的实践.交互图可以很好的探索数据,但一般不支持输出矢量图,不方便下游编辑和修改和用于发表.如果你找到了导出矢量图方法,请留言. ...

英文原名:microeco: An R package for data mining in microbial community ecology 中文译名:微生物群落生态学数据挖掘的R包micro ...

我做扩增子分析流程中常用的R包下面介绍我常用的R包,还有一些R包比较底层,都会调用,但是不会被我们熟悉,也有一些R包我遗漏了,欢迎大家留言补充. 文件夹和文件管理 fs : 快速复制剪切文件,文件移 ...

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