单细胞转录组3大R包之Seurat / 开普饭

与传统的转录组测序相比,单细胞测序技术噪声很大,使得单细胞转录组数据包含大量的dropout事件(导致基因表达量为0或接近0),即使是一些标记(Marker)基因也有可能表达量很低.当在使用其对聚类的 ...

学习单细胞转录组肯定先来一遍Seurat官网的标准流程. 数据来源于Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMC),共2700个单细胞, Illumina Next ...

简介Seurat是一个r包,被设计用于单细胞rna-seq数据的细胞质控和分析.Seurat旨在使用户能够识别和解释单细胞转录组数据中的异质性来源,同时提供整合不同类型的单细胞数据的函数.目前Seur ...

scater 这个R包很强大,是McCarthy et al. 2017 发表的,包含的功能有: Automated computation of QC metrics Transcript quan ...

主要是针对单细胞转录组测序数据开发的,用来找不同细胞类型或者不同细胞状态的差异表达基因.分析起始是表达矩阵,作者推荐用比较老旧的Tophat+Cufflinks流程,或者RSEM, eXpress,S ...

查看Ubuntu系统以及R版本 cat /etc/issue 通常来说,很多R包的安装对R版本是有要求的,比如BiocManager需要 R (≥ 3.5.0),但是并不需要最新版R语言. R到3.5 ...

对象应该是很重要的,至少是在R语言里面 ExpressionSet Bioconductor的ExpressionSet是基石,多次讲解过,GEO数据库在R里面下载的就是这个对象. 通常不需要自己从头 ...

我在单细胞天地教程:表达矩阵逆转为10X的标准输出3个文件,详细介绍过 10X文件的3个标准文件: 比如SRR7722939数据集里面,文件barcodes.tsv 和 genes.tsv,就是表达矩 ...

本来应该这是一个很正常的学习过程,之前总结了一篇博文Bioconductor的质谱蛋白组学数据分析,对蛋白组学定量那块比较感兴趣,正好看到一个R包-MSstats,其可用来对DDA,SRM和DIA的结 ...

单细胞水平的研究是仅次于NGS的一次生物信息学领域的革命,同样的随随便便发CNS的黄金时期也过去了,现在想发高分文章,拿多个病人的多个样本进行单细胞转录组测序是非常正常的,比如下面的: 发表在 Nat ...

号外:中秋节广州3天入门课程报名马上截止:(中秋节一起来学习!)全国巡讲第16站-广州(生信入门课加量不加价) 单细胞R包如过江之卿,这里只考讲解5个R包,分别是: scater,monocle,Se ...

还记得几年前前准备单细胞课程作业,查遍全网基本上找不到中文资料,甚至英文文献都少得可怜,虽然那个时候单细胞就已经显现出热点的趋势,大多数CNS之作,但是在癌症领域仅仅是6个癌症类型有单细胞转录组技术应 ...

单细胞转录组3大R包之Seurat