多个单细胞转录组样本的数据整合之CCA-Seurat包
相关推荐
-
单细胞Marker基因可示化包Nebulosa
与传统的转录组测序相比,单细胞测序技术噪声很大,使得单细胞转录组数据包含大量的dropout事件(导致基因表达量为0或接近0),即使是一些标记(Marker)基因也有可能表达量很低.当在使用其对聚类的 ...
-
单细胞工具箱|Seurat官网标准流程
学习单细胞转录组肯定先来一遍Seurat官网的标准流程. 数据来源于Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMC),共2700个单细胞, Illumina Next ...
-
三个10X单细胞转录组样本CCA整合
前面我在单细胞天地分别介绍了如果因为种种原因仅仅是测了一个样本的10X单细胞,或者走经典的2个样本的10X样本该如何分析,并且辅助自己的生物学故事,如下: 我的课题只有一个10x样本肿么办? 两个样品 ...
-
使用seurat3的merge功能整合8个10X单细胞转录组样本
本教程演示的数据来源于发表在2017年10月的NC文章:Differentiation dynamics of mammary epithelial cells revealed by single- ...
-
单细胞免疫组库数据分析||Seurat整合单细胞转录组与VDJ数据
男, 一个长大了才会遇到的帅哥, 稳健,潇洒,大方,靠谱. 一段生信缘,一棵技能树, 一枚大型测序工厂的螺丝钉, 一个随机森林中提灯觅食的津门旅客. 在做10X单细胞免疫组库分析的是往往是做一部分BC ...
-
10X单细胞转录组的测序数据量这么少是为什么
最近读到发表在nature medicine杂志的文章<Immune profiling of human tumors identifies CD73 as a combinatorial t ...
-
5天单细胞转录组培训仅需300欧元而且是包食宿哦
举办方建议参与者需要提前学一学基础知识 EMBL-EBI给的资料是: Basic introduction to the Unix environment: www.ee.surrey.ac.uk/T ...
-
Protein & Cell | 浙江大学范骁辉教授课题组:系统推断细胞间通讯的新途径——基于单细胞转录组学数据(国人佳作)
编译:CCI,编辑:十九.江舜尧. 本微文由作者原创编译,欢迎转发转载. 浙江大学药学院范骁辉教授课题组于2020年5月21日在知名学术期刊Protein & Cell发表题目为<New ...
-
科研 | NC:使用iDEA方法对单细胞转录组数据进行差异表达和基因富集分析
编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 差异表达分析(DE)和基因富集分析(GSE)常用于单细胞转录组研究中.本研究中,作者开发了一种集成且可扩展的方法--iDEA,可通过分 ...
-
Genome Biology | SCRABBLE: 利用未细分的转录组测序数据作为限制对单细胞转录组测序进行估算
推荐:江舜尧 编译:多儿 编辑:马莉 费城儿童医院学者Kai Tan等人于2019年5月7日在<Genome Biology>上发表题目为<SCRABBLE: single-cell ...
-
用Expedition来分析单细胞转录组数据的可变剪切
了解我的应该都知道我最近几个月都在奋战一个陌生的领域,单细胞转录组数据处理.真的很有挑战性,笔记累积了一大堆了,但是没有太值得分享的,大多是利用bulk转录组数据处理的经验而已,但是下面这个是单细胞转 ...
