三个10X单细胞转录组样本CCA整合

相关推荐

• Nature Methods | 单细胞蛋白质组学之梦（IF=28.467）

  编译:tRNA,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. Nature Methods的技术编辑Marx V于2019年8月12日在本杂志上发表题目为<A dream of single- ...

• 单细胞转录组测序揭示人CD127+先天淋巴细胞的异质性

  研究背景 先天淋巴细胞(ILCs)是一种免疫细胞,它通过释放可溶性的因素调节对病毒.细菌和寄生虫的早期免疫反应.这些细胞可以根据细胞表面的转录因子及细胞因子被分为三个亚型,每种亚型都有不同的功能. 方 ...

• 使用seurat3的merge功能整合8个10X单细胞转录组样本

  本教程演示的数据来源于发表在2017年10月的NC文章:Differentiation dynamics of mammary epithelial cells revealed by single- ...

• 多个单细胞转录组样本的数据整合之CCA-Seurat包

  单细胞水平的研究是仅次于NGS的一次生物信息学领域的革命,同样的随随便便发CNS的黄金时期也过去了,现在想发高分文章,拿多个病人的多个样本进行单细胞转录组测序是非常正常的,比如下面的: 发表在 Nat ...

• seurat3的merge功能和cellranger的aggr整合多个10X单细胞转录组对比

  昨天我在单细胞天地的教程:使用seurat3的merge功能整合8个10X单细胞转录组样本 完完整整的展示了如何使用seurat3的merge功能整合8个10X单细胞转录组样本,因为这个数据集的文章作 ...

• 10X单细胞转录组的测序数据量这么少是为什么

  最近读到发表在nature medicine杂志的文章<Immune profiling of human tumors identifies CD73 as a combinatorial t ...

• 10X单细胞转录组数据的动态阈值过滤

  总是有粉丝在我们的各个公众号教程下面留言关于单细胞数据处理的细节问题,比如为什么我们过滤线粒体基因表达量超15%的细胞啊,为什么看核糖体基因表达量占比啊等等. 其实看一下基础10讲: 01. 上游分析 ...

• 两个样品的10x单细胞转录组数据分析策略

  看到一篇最新研究,题目是:Targeting Degradation of the Transcription Factor C/EBPb Reduces Lung Fibrosis by Resto ...

• 10X单细胞转录组数据都分析那么多了，实验过程要不要了解一下

  我的课题只有一个10x样本肿么办? 两个样品的10x单细胞转录组数据分析策略 三个10X单细胞转录组样本CCA整合 多个单细胞转录组样本的数据整合之CCA-Seurat包 在教程:使用seurat3的 ...

• 混样的10X单细胞转录组

  我的课题只有一个10x样本肿么办? 两个样品的10x单细胞转录组数据分析策略 三个10X单细胞转录组样本CCA整合 多个单细胞转录组样本的数据整合之CCA-Seurat包 在教程:使用seurat3的 ...

• 10X单细胞转录组理论上有3个文件才能被读入R进行seurat分析

  我在单细胞天地教程:表达矩阵逆转为10X的标准输出3个文件,详细介绍过 10X文件的3个标准文件: 比如SRR7722939数据集里面,文件barcodes.tsv 和 genes.tsv,就是表达矩 ...