使用seurat3的merge功能整合8个10X单细胞转录组样本 / 开普饭

简介目前10X单细胞测序算是测序行业最热门的方向之一,它可以在低测序深度的情况下一次性的获得成千上万的细胞及其每个细胞内的基因表达情况,对了解细胞异质性和新的细胞类型非常有利.官网介绍的功能和优势如下 ...

网址:https://dcc.icgc.org/ donor.LIRI-JP.tsv.gz 病人的数据(临床数据) exp_seq.LIRI-JP.tsv.gz 表达数据(测序数据) sampl ...

昨天我在单细胞天地的教程:使用seurat3的merge功能整合8个10X单细胞转录组样本完完整整的展示了如何使用seurat3的merge功能整合8个10X单细胞转录组样本,因为这个数据集的文章作 ...

前面我在单细胞天地分别介绍了如果因为种种原因仅仅是测了一个样本的10X单细胞,或者走经典的2个样本的10X样本该如何分析,并且辅助自己的生物学故事,如下: 我的课题只有一个10x样本肿么办? 两个样品 ...

单细胞水平的研究是仅次于NGS的一次生物信息学领域的革命,同样的随随便便发CNS的黄金时期也过去了,现在想发高分文章,拿多个病人的多个样本进行单细胞转录组测序是非常正常的,比如下面的: 发表在 Nat ...

编译:微科盟伊一,编辑:微科盟景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读豇豆是豆科重要的蔬菜作物,因其豆荚嫩.口感好.营养丰富而被广泛种植.紫色豇豆豆荚吸引了更多的关注,主要是因为它醒目的颜色 ...

编译:卡德加,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读植物功能是单个细胞在不同组织中协同作用的结果.RNA-seq测序技术和组织处理技术的进步使研究者能够捕获单细胞分辨率下的转录变化.单 ...

编译:冬日暖阳,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 清华大学.北大三院.广州再生医学与健康广东省实验室马普中心等单位付卫.杨雪瑞和陈晔光等人于2019年11月21日在医学国际权威期刊Jou ...

编译:雪源,编辑:小菌菌.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读巨噬细胞是炎症反应和组织重塑中的重要介质.近期对巨噬细胞亚群异质性的新见解使得它们在维持体内稳态和疾病中的作用再次受到关注.巨噬细胞 ...

写在前面你现在看到的是文献俱乐部2019年笔记分享第一弹,我将会在春节7天连续分享,目录如下: 2019年1月份第1周(总第49周)单细胞转录组探索CAFs的功能和空间异质性 2019年1月份第2周 ...

男, 一个长大了才会遇到的帅哥, 稳健,潇洒,大方,靠谱. 一段生信缘,一棵技能树, 一枚大型测序工厂的螺丝钉, 一个随机森林中提灯觅食的津门旅客. 在做10X单细胞免疫组库分析的是往往是做一部分BC ...

使用seurat3的merge功能整合8个10X单细胞转录组样本