上次说的gmt函数(学徒作业) / 开普饭

多组学通路富集分析工具:ActivePathways ActivePathways是一种在分子通路.生物学过程和其他类型基因集的背景下分析多个组学数据集的方法.该软件包通过合并p值来组合基因或蛋白质水 ...

在GSEA分析中,在MSigDB(Molecular Signatures Database)数据库中定义了很多基因集,下载的基因集是gmt格式文件.下载的gmt格式文件,打开后可以看见是下面这个样子 ...

成功解决NameError: name 'file' is not defined 解决问题 NameError: name 'file' is not defined 解决思路原因:python版 ...

上次的推送中在这个题目的最后提了一个问题,整数解为什么不可能是3而是2呢?今天来回答一下,也借此来拓展一下数学思维. 首先,上图的关于g(x)=x/lnx的图像是用软件作出的,如果不用软件我们用导数只 ...

Agilent的芯片同样也是扫描得到图片,然后图像处理(主要是Agilent Feature Extraction (AFE) 软件)得到信号值,但是值得注意的是这个时候有两个信号值矩阵,分别是:th ...

发表在Cancer Management and Research的简单数据挖掘杂志:Apolipoprotein C1 (APOC1) promotes tumor progression via ...

看到发表在 Cell. 2020 Mar 4. 的文章的研究项目里面有 4个10X样本,题目是:Complement Signals Determine Opposite Effects of B C ...

昨天我在生信技能树发布了一个学徒作业:在CCLE数据库里面根据指定基因在指定细胞系里面提取表达矩阵 , 真的是非常简单,只需要下载CCLE数据库的RNA-seq表达矩阵,然后在R里面根据指定基因在指定 ...

不知道多少人看完了全网第一个单细胞课程(免费基础课程),免费学习地址在B站:https://www.bilibili.com/video/av38741055 而且完成结业考核20题:https:/ ...

我喜欢把TCGA数据库的应用划分为8个领域: 1.探索各类肿瘤不同临床特征(性别.年龄.种族.临床分期)的预后(生存曲线) 2.探索各类肿瘤与对照的单个分子(mRNA,lncRNA,miRNA,甲基化 ...

我喜欢把TCGA数据库的应用划分为8个领域: 1.探索各类肿瘤不同临床特征(性别.年龄.种族.临床分期)的预后(生存曲线) 2.探索各类肿瘤与对照的单个分子(mRNA,lncRNA,miRNA,甲基化 ...

文章数据分析流程图如下: 任务如果你有R代码基础,那么你可能需要阅读我在生信技能树的甲基化教程列表: 01-甲基化的一些基础知识.pdf 02-甲基化芯片的一般分析流程.pdf 03-甲基化芯片数据 ...

上次说的gmt函数(学徒作业)