学徒作业：给你8个甲基化探针，你在tcga数据库进行任意探索 / 开普饭

lncRNA(long non coding RNA)发挥功能的方式,目前研究最多的还是ceRNA 的功能.经典的ceRNA调控网络是通过 lncRNA-miRNA-mRNA 来构建的.这个研究思路 ...

解螺旋公众号·陪伴你科研的第2533天 7+纯生信ceRNA文章复现在pubmed搜索ceRNA,发现很多实验类的文章,做了很多内容,但是只发了2-3分,所以今天想和大家一起学习2021年1月发表于 ...

目前,cBioPorta.GEPIA等现有生物学工具为基因表达分析提供了许多有用的可视化和分析工具,但是并不能充分解决实验生物学家要求的其他一些快速分析.例如,根据初步结果选择特定的细胞系进行进一步研 ...

miRTarBase miRTarBase(http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php)也是一个基于实验基础的 miRNA 绑定基因查询数据库.不同 ...

文章数据分析流程图如下: 任务如果你有R代码基础,那么你可能需要阅读我在生信技能树的甲基化教程列表: 01-甲基化的一些基础知识.pdf 02-甲基化芯片的一般分析流程.pdf 03-甲基化芯片数据 ...

前面我在<生信技能树>的教程:什么,你感兴趣的GEO数据集没有关联到原始文献出处,提到了一个GSE数据集是可以关联到很多文献,如果这个数据集被挖掘过.但是举例子的时候留空白了,居然被眼尖的 ...

看到文章 PLoS Genet. 2016 ,提到了 CpG island methylator phenotype (CIMP) subtype 分组的细节 Methylation datasets ...

关于表达芯片的公共数据库挖掘我这边以及差不多把改写的推文在2年前就写完了,但表达芯片毕竟只占芯片市场的半壁江山,还有大量的非表达芯片,比如大名鼎鼎的甲基化芯片.关于甲基化,我们公众号教程非常少,主要是 ...

最近我们的学徒作业,都是以公众号推文的方式发布出来,希望更多人加入一起学习,前面两次的作业是: 写一个函数把基因集,写出成为gmt文件.详见:GSVA或者GSEA各种算法都是可以自定义基因集的自行读 ...

Agilent的芯片同样也是扫描得到图片,然后图像处理(主要是Agilent Feature Extraction (AFE) 软件)得到信号值,但是值得注意的是这个时候有两个信号值矩阵,分别是:th ...

发表在Cancer Management and Research的简单数据挖掘杂志:Apolipoprotein C1 (APOC1) promotes tumor progression via ...

最近在做illumina的甲基化芯片数据处理知识整理,所以看了不少文献咯,发现甲基化探针到底需要进行哪些过滤这么一个小细节,值得探讨的都很多.欢迎大家加入我们的讨论群:一个甲基化芯片信号值矩阵差异分析 ...

看到发表在 Cell. 2020 Mar 4. 的文章的研究项目里面有 4个10X样本,题目是:Complement Signals Determine Opposite Effects of B C ...

学徒作业：给你8个甲基化探针， 你在tcga数据库进行任意探索