一个甲基化芯片数据被挖掘好几次（学徒作业） / 开普饭

解螺旋公众号·陪伴你科研的第2541天零代码复现非肿瘤文章大家好,我是濤濤.众所周知,仙桃生信工具www.xiantao.love一直致力于协助大家在进行生信研究提供便利性.最近,仙桃生信工具又推 ...

研究过程中,也许有一个问题曾经困扰过你:"该基因是否已经在文献中描述为甲基化且属于哪种癌症类型".虽然不难回答,但解决此类问题比较耗时,一般通过文本挖掘方法(GoldMine)可以 ...

专注生物分析最前沿定期解读生信文章提供生信分析思路和套路方便大家短平快发SCI 关于甲基化方面的探索,传统的方法无非是现在公共数据库中下载数据,差异分析构建模型,外部数据验证或者与靶基因相关性分 ...

研究背景: 卵巢癌在全球与妇科癌症相关的死亡中排名第五.到目前为止,尚未完全了解卵巢癌的肿瘤发生和预后的分子机制.这项研究旨在发现参与卵巢癌的hub基因和治疗药物. 研究方法: 从Gene Expre ...

在本项研究中,作者下载TCGA结直肠癌(CRC)数据作为训练集,GEO数据库(GSE40967,GSE12945,GSE17536,GSE17537)作为验证集.从分子特征数据库中选择上皮间质转化相关 ...

作者是生信技能树组建的表观遗传学学习小组的小组长,前面已经发过一个: 学员分享-Chip-seq 实战分析流程本文是看到生信技能树有个450K甲基化芯片数据处理传送门,我呢,恰好不久前用一个集成度很 ...

早在我们举办甲基化芯片专题学习的时候,见: 450K甲基化芯片数据处理传送门就有非常棒的一站式教程投稿,也因此我结识了优秀的六六,以及其教程大力推荐的R包作者,见: 850K甲基化芯片数据的分析但 ...

数据是一切的开始,前面我们介绍了一些背景知识,主要是理解什么是DNA甲基化,为什么要检测它,以及芯片和测序两个方向的DNA甲基化检测技术.具体介绍在:甲基化的一些基础知识,也了解了甲基化芯片的一般分析 ...

前面我们介绍了一些背景知识,主要是理解什么是DNA甲基化,为什么要检测它,以及芯片和测序两个方向的DNA甲基化检测技术.具体介绍在:甲基化的一些基础知识,也了解了甲基化芯片的一般分析流程 . 然后下载 ...

我这里先列出学徒作业,大家需求下载头颈癌里面的口腔癌的甲基化芯片信号值矩阵,然后挑选有N-T配对的32个病人的数据进行差异分析,就走我们介绍的champ流程即可! 理论上你掌握了这个分析策略,换成任何 ...

RNA-seq这样的测序数据也可以的啊! 比如这篇Published: 12 March 2019的文章:Identification of Key Long Non-Coding RNAs in t ...

秦楚数据的挖掘与清洗:天下苦秦久矣天下苦秦久矣,是一句纵贯历史的名句,<史记·陈涉世家>记载,陈胜在与吴广谋划发起义时说了这句话.这个出处应该是公认的.问题在于,陈吴二人是谋划于密室,这 ...

万一您身边的朋友用得着呢? 各位朋友早上好,小菜继续和您分享经验之谈,截止今日小菜已分享350+篇经验之谈,可以文章编号或关键词进行搜索以下才是今天的正式内容-- 摘要:本文分享利用Lookup函数 ...

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