850K甲基化芯片数据的分析

相关推荐

• MethBank：单细胞甲基化数据库

  导语 生命与健康大数据中心(The BIG Data Center)由中国科学院北京基因组研究所于2016年成立.中国科学院北京基因组团队通过研究,建立海量生物组学大数据储存.整合与挖掘分析研究体系, ...

• 甲基化套路

  和甲基化有关的. 可以先了解下甲基化: 450k甲基化基础 450K甲基化芯片数据处理传送门 450k甲基化芯片常用工具包:ChAMP和minfi等. 甲基化的一些预备知识 甲基化程度的量化 imag ...

• 这个方向的4+分还是很容易发的！

  Early epigenetic changes of Alzheimer's disease in the human hippocampus人类海马体中阿尔茨海默氏病的早期表观遗传变化 一.研究背 ...

• 精准医学： 应用脑脊液游离DNA全基因组甲基化测序筛选小儿髓母细 胞瘤早期诊断与预后监测的可靠生物标志物｜液体活检专题

  易点评 本文是液体活检DNA甲基化标志物发现的典型研究案例.儿童脑恶性肿瘤如髓母细胞瘤(MB)致癌基因突变频率较低,但DNA甲基化改变明显,根据MB的这一特点作者使用了WGBS和CMS-IP-seq技 ...

• TCGA数据库的各个癌症甲基化芯片数据重新分析

  我这里先列出学徒作业,大家需求下载头颈癌里面的口腔癌的甲基化芯片信号值矩阵,然后挑选有N-T配对的32个病人的数据进行差异分析,就走我们介绍的champ流程即可! 理论上你掌握了这个分析策略,换成任何 ...

• ChAMP 包分析450K甲基化芯片数据（一站式）

  早在我们举办甲基化芯片专题学习的时候,见: 450K甲基化芯片数据处理传送门 就有非常棒的一站式教程投稿,也因此我结识了优秀的六六,以及其教程大力推荐的R包作者,见: 850K甲基化芯片数据的分析 但 ...

• 【视频讲解】- 小鼠表达芯片数据整合分析

  本讲涉及到的芯片分别是: GSE7762 GSE62346 GSE50382 视频里的示例会带领大家使用 GEOquery 包里面的getGEO函数下载每个表达芯片数据在GEO数据库里面的数据,解析获 ...

• 甲基化芯片数据下载如何读入到R里面

  数据是一切的开始,前面我们介绍了一些背景知识,主要是理解什么是DNA甲基化,为什么要检测它,以及芯片和测序两个方向的DNA甲基化检测技术.具体介绍在:甲基化的一些基础知识,也了解了甲基化芯片的一般分析 ...

• 甲基化芯片数据的一些质控指标

  前面我们介绍了一些背景知识,主要是理解什么是DNA甲基化,为什么要检测它,以及芯片和测序两个方向的DNA甲基化检测技术.具体介绍在:甲基化的一些基础知识,也了解了甲基化芯片的一般分析流程 . 然后下载 ...

• 我是如何发现850K甲基化芯片和EPIC的区别

  有粉丝求助,她做850K甲基化芯片数据处理的时候,使用champ流程,然后报错非常诡异,是Failed CpG Fraction,各种查资料都无法解决,我让她复制粘贴报错的关键信息,如下: [ Sec ...

• 一个甲基化芯片数据被挖掘好几次（学徒作业）

  前面我在<生信技能树>的教程:什么,你感兴趣的GEO数据集没有关联到原始文献出处,提到了一个GSE数据集是可以关联到很多文献,如果这个数据集被挖掘过.但是举例子的时候留空白了,居然被眼尖的 ...

• 850K甲基化芯片的TSS附近信号值曲线绘制

  本来呢,这应该是一个教程,但最近是过年休假期间,我也不能无限制的回答粉丝提问,所以借<生信技能树>的便利给他发一个有偿求图的的宣传: 很可惜,我没有现成代码,所以无法"举手之劳& ...

• Bioconductor的DNA甲基化芯片分析流程

  一次偶然的搜索中发现biocondutor有个甲基化芯片的分析流程,刚好可以学习下,写的真的很棒. Bioconductor的DNA methylation workflow可以在http://www ...