Bioconductor的DNA甲基化芯片分析流程 / 开普饭

今天是生信星球陪你的第778天大神一句话,菜鸟跑半年.我不是大神,但我可以缩短你走弯路的半年~ 就像歌儿唱的那样,如果你不知道该往哪儿走,就留在这学点生信好不好~ 这里有豆豆和花花的学习历程,从新手 ...

易点评本文是液体活检DNA甲基化标志物发现的典型研究案例.儿童脑恶性肿瘤如髓母细胞瘤(MB)致癌基因突变频率较低,但DNA甲基化改变明显,根据MB的这一特点作者使用了WGBS和CMS-IP-seq技 ...

导语表观基因组广泛关联研究(Epigenome-wide Association Study,EWAS),基于全基因组范围寻找组间的表观遗传学标记的差别或特征,能够帮助我们了解表观遗传改变与相关形状 ...

全基因组分析造血细胞中的DNA甲基化:WGBS的DNA甲基化分析 First Online: 23 July 2017 译者注意:文章感觉什么都没说,也就是讲一下背景,测序中的步骤,可以了解一下,中间 ...

推荐:江舜尧编译:微遗传编辑:马莉 2019年4月22日上海交通大学医学院仁济医院生殖医学中心孙贇教授等在著名期刊<PNAS>上发表了题为"DNA methylation a ...

作者是生信技能树组建的表观遗传学学习小组的小组长,前面已经发过一个: 学员分享-Chip-seq 实战分析流程本文是看到生信技能树有个450K甲基化芯片数据处理传送门,我呢,恰好不久前用一个集成度很 ...

早在我们举办甲基化芯片专题学习的时候,见: 450K甲基化芯片数据处理传送门就有非常棒的一站式教程投稿,也因此我结识了优秀的六六,以及其教程大力推荐的R包作者,见: 850K甲基化芯片数据的分析但 ...

虽然我一直讲解的GEO数据挖掘,都是基于mRNA这样的表达芯片,但实际上miRNA,lncRNA,甚至circRNA芯片也是大同小异的分析流程. 所以,如果你确实是第一次接触circRNA芯片数据,完 ...

前面我们系统性的总结了circRNA的相关背景知识: 首先了解一下circRNA背景知识 circRNA芯片分析的一般流程 circRNA-seq分析的一般流程 ceRNA-芯片分析的一般流程同样的 ...

我这里先列出学徒作业,大家需求下载头颈癌里面的口腔癌的甲基化芯片信号值矩阵,然后挑选有N-T配对的32个病人的数据进行差异分析,就走我们介绍的champ流程即可! 理论上你掌握了这个分析策略,换成任何 ...

Bioconductor的DNA甲基化芯片分析流程