TCGA数据库的各个癌症甲基化芯片数据重新分析 / 开普饭

今天是生信星球陪你的第778天大神一句话,菜鸟跑半年.我不是大神,但我可以缩短你走弯路的半年~ 就像歌儿唱的那样,如果你不知道该往哪儿走,就留在这学点生信好不好~ 这里有豆豆和花花的学习历程,从新手 ...

谢京合关注 0.5022020.10.28 17:56:10字数 844阅读 600 我的天,第一次接触甲基化数据,真是令人头大. 那就先从TCGA上下载某一种癌症的甲基化数据开始吧. 1.下载. 数 ...

MethylMix: an R package for identifying DNA methylation-driven genes. 本文参考:识别甲基化驱动的癌症基因 GetData函数,怎么 ...

近期,中国医学科学院肿瘤医院赫捷院士团队与泛生子合作,在Nature Communications(影响因子12.121)上发表了关于肺肉瘤样癌(PSC)的重磅研究成果,依托泛生子全外显子检测(WES ...

表观遗传调控衰老相关基因,警惕DNA甲基化引发过早衰老 (衰老理论2-甲基化老化理论) 表观遗传学通常被定义为与基因组功能相关的改变,不涉及核苷酸序列的改变,如DNA甲基化或组蛋白修饰.据报道,表观遗 ...

作者是生信技能树组建的表观遗传学学习小组的小组长,前面已经发过一个: 学员分享-Chip-seq 实战分析流程本文是看到生信技能树有个450K甲基化芯片数据处理传送门,我呢,恰好不久前用一个集成度很 ...

该数据是我自己下载整理过的数据. 下载日期:2021年7月12日下载方式:TCGAbiolinks包数据类型:RData 变量名称:expDataTPM > ##加载数据,数据对象是一个数据 ...

该数据是我自己下载整理过的数据. 下载日期:2021年8月25日下载方式:TCGAbiolinks包数据类型:RData 变量名称:mir_Count:mir_RPM path <- dir ...

长期更新列表: 使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据(cBioPortal)TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据 (离线打包版本)TCGA的28篇教程- 使用R语言的R ...

早在我们举办甲基化芯片专题学习的时候,见: 450K甲基化芯片数据处理传送门就有非常棒的一站式教程投稿,也因此我结识了优秀的六六,以及其教程大力推荐的R包作者,见: 850K甲基化芯片数据的分析但 ...

数据是一切的开始,前面我们介绍了一些背景知识,主要是理解什么是DNA甲基化,为什么要检测它,以及芯片和测序两个方向的DNA甲基化检测技术.具体介绍在:甲基化的一些基础知识,也了解了甲基化芯片的一般分析 ...

前面我们介绍了一些背景知识,主要是理解什么是DNA甲基化,为什么要检测它,以及芯片和测序两个方向的DNA甲基化检测技术.具体介绍在:甲基化的一些基础知识,也了解了甲基化芯片的一般分析流程 . 然后下载 ...

前面我在<生信技能树>的教程:什么,你感兴趣的GEO数据集没有关联到原始文献出处,提到了一个GSE数据集是可以关联到很多文献,如果这个数据集被挖掘过.但是举例子的时候留空白了,居然被眼尖的 ...

关于这个estimate,我们在生信技能树公众号已经是多次分享了,主要是因为肿瘤本身具有异质性而且肿瘤取样问题,所以我们拿到了肿瘤数据(比如表达量矩阵)里面除了恶性癌症细胞的,还有基质细胞和免疫细胞的 ...

TCGA数据库的各个癌症甲基化芯片数据重新分析