数据库数据 | TCGA数据库33种癌症的 transcriptome profiling (RNA-Seq) 数据 / 开普饭

要分析测序数据,一般都会想到的是TCGA (当然GEO上也有部分的测序数据).但TCGA上只有肿瘤的相关研究,我们如想要研究其他疾病,甚至研究其他物种的测序数据, 其实可以看点别的,比如上EMBL-E ...

除了利用SEER.TARGET数据,你还可以利用这个数据库做预测模型,这个数据库就是TCGA呀,TCGA也包含大量的临床信息,可以通过下载它的临床数据来进行预测模型,TCGA临床数据的下载方法有很多种 ...

GEO is a public functional genomics data repository supporting MIAME-compliant data submissions. Arr ...

本笔记来源于福建医科大学研究生前些日子,老师给了我一份大纲并让我重启一下机器学习的系列,但是我看完之后发现,可能是由于老师在写大纲的时间比较早,并且也长时间没更新,导致内容略微有些过时,于是我打算用 ...

该数据是我自己下载整理过的数据. 下载日期:2021年8月25日下载方式:TCGAbiolinks包数据类型:RData 变量名称:mir_Count:mir_RPM path <- dir ...

我这里先列出学徒作业,大家需求下载头颈癌里面的口腔癌的甲基化芯片信号值矩阵,然后挑选有N-T配对的32个病人的数据进行差异分析,就走我们介绍的champ流程即可! 理论上你掌握了这个分析策略,换成任何 ...

长期更新列表: 使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据(cBioPortal)TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据 (离线打包版本)TCGA的28篇教程- 使用R语言的R ...

最近有两年前的学生过来寻求合作,让我想想给我tcga数据库过万病人的原始测序数据我可以做什么方法学的创新.我想把这个问题抛给粉丝 tcga数据库的原始测序数据假设给你tcga数据库过万病人的原始测序 ...

关于这个estimate,我们在生信技能树公众号已经是多次分享了,主要是因为肿瘤本身具有异质性而且肿瘤取样问题,所以我们拿到了肿瘤数据(比如表达量矩阵)里面除了恶性癌症细胞的,还有基质细胞和免疫细胞的 ...

分析基本思路: 1.首先我们应该要知道什么是肿瘤的免疫细胞浸润模式,通过一些什么样的原理,可以用什么样的软件进行分析. 肿瘤免疫细胞浸润是指免疫细胞从血液中移向肿瘤组织,开始发挥它的作用,可以从肿瘤组 ...

免疫治疗已经大大改变的抗肿瘤治疗的格局. 但不可否认的是免疫治疗需要解决的问题还有很多,最急迫的一个就是准确分辨能够从免疫治疗中获益的人群. 对PD-L1.TMB.微卫星不稳定等生物标志物的探索尚不足 ...

今天给大家分享一份 1998-2013 年的工企业数据库与专利数据库匹配的结果数据(包含工企业数据库的全部数据和一些专利的信息)其中 1998-2009 年的专利数据来源于 Chinese Paten ...

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