从TCGA下载的甲基化数据格式解读 / 开普饭

发表于2017年,杂志是 JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY 影响因子26.303 , 文章是 CpG Methylation Signature Predicts Recurr ...

文章<BRCA1 Promoter Methylation Status in 1031 Primary Breast Cancers Predicts Favorable Outcomes F ...

我这里先列出学徒作业,大家需求下载头颈癌里面的口腔癌的甲基化芯片信号值矩阵,然后挑选有N-T配对的32个病人的数据进行差异分析,就走我们介绍的champ流程即可! 理论上你掌握了这个分析策略,换成任何 ...

Divergent DNA methylation contributes to duplicated gene evolution and chilling response in tea plan ...

真正做生信工具(R包,软件,网页)的很少,但是需要用工具的却超级多,比如:GEPIA2详解(中国智造-肿瘤数据库),主要是看表达量和生存,引用就是(1659+130),再比如GDCRNATools这个 ...

前面我们介绍了一些背景知识,主要是理解什么是DNA甲基化,为什么要检测它,以及芯片和测序两个方向的DNA甲基化检测技术.具体介绍在:甲基化的一些基础知识,也了解了甲基化芯片的一般分析流程 . 但是我留 ...

MethylMix: an R package for identifying DNA methylation-driven genes. 本文参考:识别甲基化驱动的癌症基因 GetData函数,怎么 ...

栏目起源逆向收费读文献社群 (2018-01-07) 逆向收费读文献社群 (2018-06-09) 逆向收费读文献社群(第二年通知)(2019-01-26) 大概有50人加入吧,成功坚持下来的朋友们 ...

导语 DNA甲基化是当前研究最多的表观遗传修饰,对于促进胚胎发育,基因组印记和X染色体失活等重要生物过程至关重要.在甲基化研究的技术手段中,HM450K芯片在癌症甲基化组数据集中占主导地位.TCGA数 ...

导语癌症被列为所有人类疾病中最致命的杀手之一.研究表观遗传修饰的改变模式,最重要的是是弄清DNA甲基化事件如何调节癌基因激活,肿瘤抑制基因沉默和染色体不稳定性,在肿瘤发生中起关键作用. 人类DNA甲 ...

今天是生信星球陪你的第778天大神一句话,菜鸟跑半年.我不是大神,但我可以缩短你走弯路的半年~ 就像歌儿唱的那样,如果你不知道该往哪儿走,就留在这学点生信好不好~ 这里有豆豆和花花的学习历程,从新手 ...

和甲基化有关的. 可以先了解下甲基化: 450k甲基化基础 450K甲基化芯片数据处理传送门 450k甲基化芯片常用工具包:ChAMP和minfi等. 甲基化的一些预备知识甲基化程度的量化 imag ...

一般来说,数据分析的任何一个点都会有成百上千个实验室在为之努力,比如比对,定量,可变剪切,融合基因这些步骤,那么同时也会有很多工具测评的文章,比如针对融合基因的随便搜一下,就可以发现下面两个: 201 ...

看到文章 PLoS Genet. 2016 ,提到了 CpG island methylator phenotype (CIMP) subtype 分组的细节 Methylation datasets ...

从TCGA下载的甲基化数据格式解读