850K甲基化芯片的TSS附近信号值曲线绘制 / 开普饭

大橘如果要学习云计算,课程有很多,我们学校会根据以后需求来制定实用的专业课专业核心课 <linux系统管理> < linux服务管理> <数据库DBA管理> & ...

作者是生信技能树组建的表观遗传学学习小组的小组长,前面已经发过一个: 学员分享-Chip-seq 实战分析流程本文是看到生信技能树有个450K甲基化芯片数据处理传送门,我呢,恰好不久前用一个集成度很 ...

有粉丝求助,她做850K甲基化芯片数据处理的时候,使用champ流程,然后报错非常诡异,是Failed CpG Fraction,各种查资料都无法解决,我让她复制粘贴报错的关键信息,如下: [ Sec ...

关于GEOquery在GEO公共数据库挖掘的重要性我已经多次强调和介绍了,不赘述,不过它可不只是用来下载表达芯片矩阵的,也可以下载甲基化芯片信号矩阵,也是贝塔值矩阵. 代码如下: require(GE ...

看到文章 PLoS Genet. 2016 ,提到了 CpG island methylator phenotype (CIMP) subtype 分组的细节 Methylation datasets ...

甲基化的一些基础知识甲基化芯片的一般分析流程有意思的是,甲基化分析其实和普通的mRNA表达矩阵分析有很多概念问题是无法迁移的,包括质量控制,WGCNA分析,哪怕是简单的差异分析都有区别. 标准差异 ...

差异分析永远是最平易近人的策略,我们前面整理的各种系列教程,miRNA的,lncRNA的,mRNA芯片或者测序,circRNA系列的,都会得到表达矩阵,然后走差异分析.只不过是不同统计学分布的表达矩阵 ...

前面我们介绍了一些背景知识,主要是理解什么是DNA甲基化,为什么要检测它,以及芯片和测序两个方向的DNA甲基化检测技术.具体介绍在:甲基化的一些基础知识,也了解了甲基化芯片的一般分析流程 . 但是我留 ...

传统的甲基化信号值通常是芯片,比如illumina公司的27K,450K,850K的甲基化芯片,它们检查的通常是细胞混合物,比如绝大部分肿瘤组织样品其实是混合了上皮细胞,基质细胞和免疫细胞.如果我们感 ...

一.简介 DNA甲基化是核酸和蛋白质的一种重要修饰方式,通过影响染色质结构,DNA构象,稳定性以及与蛋白质相互作用等方式来调节基因的表达和关闭,与各种细胞功能.胚胎发育.癌症发生.衰老等许多生理性状相 ...

850K甲基化芯片的TSS附近信号值曲线绘制