甲基化信号值的差异分析也许不应该是看logFC / 开普饭

本文为群中小伙伴进行的一次差异分析探索的记录. 前段时间拿到一个RNA-seq测序数据(病人的癌和癌旁样本,共5对)及公司做的差异分析结果(1200+差异基因),公司告知用的是配对样本的DESeq分析 ...

差异分析永远是最平易近人的策略,我们前面整理的各种系列教程,miRNA的,lncRNA的,mRNA芯片或者测序,circRNA系列的,都会得到表达矩阵,然后走差异分析.只不过是不同统计学分布的表达矩阵 ...

前面我们介绍了一些背景知识,主要是理解什么是DNA甲基化,为什么要检测它,以及芯片和测序两个方向的DNA甲基化检测技术.具体介绍在:甲基化的一些基础知识,也了解了甲基化芯片的一般分析流程 . 但是我留 ...

传统的甲基化信号值通常是芯片,比如illumina公司的27K,450K,850K的甲基化芯片,它们检查的通常是细胞混合物,比如绝大部分肿瘤组织样品其实是混合了上皮细胞,基质细胞和免疫细胞.如果我们感 ...

看到文章 PLoS Genet. 2016 ,提到了 CpG island methylator phenotype (CIMP) subtype 分组的细节 Methylation datasets ...

本来呢,这应该是一个教程,但最近是过年休假期间,我也不能无限制的回答粉丝提问,所以借<生信技能树>的便利给他发一个有偿求图的的宣传: 很可惜,我没有现成代码,所以无法"举手之劳& ...

栏目起源逆向收费读文献社群 (2018-01-07) 逆向收费读文献社群 (2018-06-09) 逆向收费读文献社群(第二年通知)(2019-01-26) 大概有50人加入吧,成功坚持下来的朋友们 ...

因为一个有趣的原因,我们来一起学一个R包吧一个背景哺乳动物基因组CpG位点通常集中在称为CpG岛(CpG island,CGI)的区域中,并且已知人基因启动子~60%含有CpG岛.CpG岛上下游不 ...

写生帮2021-05-03 17:23:52 黄建南擅长油画.禅意国画.陶瓷画,其作品多次参加国内外各种展览.多次接受中央电视台.北京电视台.山东电视台.河北电视台等艺术栏目专题采访播出. 他作为当今 ...

来源:临床检验医学一.什么是危急值? 危急值是指对提示患者处于生命危急状态的检查.检验结果建立复核.报告.记录等管理机制,以保障患者安全的制度. 二.处理危急值的基本要求 1.医疗机构应当分别建立住 ...

甲基化信号值的差异分析也许不应该是看logFC